Різниця між BLAST та FastA

The ключова різниця між BLAST і FastA це те, що BLAST - це основний інструмент вирівнювання, доступний на веб-сайті Національного центру біотехнологічної інформації, тоді як FastA - це інструмент пошуку схожості, доступний на веб-сайті Європейського інституту біоінформатики.

BLAST та FastA - це два програмні засоби, які широко використовуються для порівняння біологічних послідовностей ДНК, амінокислот, білків та нуклеотидів різних видів та пошуку їх подібності. Ці алгоритми були написані, враховуючи швидкість. Тому що, коли в середині 1980-х вчені змогли виділити ДНК в лабораторії, це викликало необхідність порівняти та знайти однакові гени для подальших досліджень з високою швидкістю. Отже, ці два програмні засоби були розроблені таким чином, що користувач може швидко шукати схожі послідовності з послідовністю запитів..

BLAST - абревіатура для Основний інструмент пошуку локальної вирівнювання і використовує локалізований підхід для порівняння двох послідовностей. FastA - це програмне забезпечення, яке посилається на Fast A, де A означає All. Тут програмне забезпечення працює з алфавітами, як Fast A для послідовності ДНК та Fast P для білка. І BLAST, і FastA дуже швидко порівнюють будь-яку базу даних геному і, отже, дуже життєздатні як у грошовій формі, так і в економії часу.

ЗМІСТ

1. Огляд та ключові відмінності
2. Що таке BLAST
3. Що таке FastA
4. Подібність між BLAST та FastA
5. Порівняльне порівняння - BLAST проти FastA у табличній формі
6. Підсумок

Що таке BLAST?

BLAST - це одне з найбільш широко використовуваних програм біоінформатики, яке було розроблено в 1990 році. Відтоді воно доступне для всіх на сайті NCBI. Крім того, будь-яка людина може отримати доступ до цього програмного забезпечення та використовувати його. Більше того, BLAST - це програмне забезпечення, яке потребує вхідних даних або послідовностей у форматі FastA. Але він дає вихідні дані у простому тексті, HTML або XML-форматі. BLAST працює за принципом пошуку локалізованої подібності між двома послідовностями та коротко списує подібні послідовності, після чого здійснює пошук подібності сусідства.

Малюнок 01: Результати BLAST

Таким чином, це програмне забезпечення шукає велику кількість подібних локальних регіонів і дає результат щодо досягнення порогового значення. Однак цей процес відрізняється від попереднього програмного забезпечення, яке спочатку шукає всю послідовність, а потім проводить порівняння, а значить, забирає багато часу.

Крім вищепереліченої перевірки подібності, BLAST має багато інших застосувань, таких як ДНК-карти, порівнюючи два однакових гена у різних видів, створюючи філогенетичне дерево тощо.

Що таке FastA?

FastA - це програмне забезпечення для вирівнювання послідовностей білків. Девід Дж. Ліпман та Вільям Р. Пірсон описали це програмне забезпечення в 1985 році. Хоча початкове використання цього програмного забезпечення полягало лише в порівнянні послідовностей білків, його модифікована версія також змогла порівняти послідовності ДНК. Тут це програмне забезпечення використовує принцип знаходження подібності між двома послідовностями статистично. Він відповідає одній послідовності ДНК або білка іншій послідовності методом локальної вирівнювання послідовностей.

Малюнок 02: FastA

Однак він шукає у місцевих регіонах подібність, але не найкраща відповідність між двома послідовностями. Оскільки це програмне забезпечення часом порівнює локалізовані подібності, воно може також придумати невідповідність. У послідовності FastA займає невелику частину, відому як k-кортежі, де кортежі можуть бути від 1 до 6 і збігаються з k-кортежами іншої послідовності. Після закінчення процесу узгодження, коли він досягає порогового значення, він дає результат.

Які подібності між BLAST та FastA?

• BLAST та FastA - це інструменти біоінформатики, які використовуються для порівняння послідовностей білка та ДНК за подібністю.
• Також обидві програми використовують стратегію оцінювання для порівняння послідовностей.
• Крім того, обидва інструменти дають високоточні результати.

Яка різниця між BLAST та FastA?

BLAST - це інструмент для перевірки подібності між біологічними послідовностями. З іншого боку, FastA - це ще одна програма, яка полегшує перевірку подібності послідовностей білка та ДНК. Однак, порівняно з FastA, програмне забезпечення BLAST дуже популярне, оскільки дає більш точні та швидкі результати. Отже, це різниця між BLAST та FastA. Крім того, на відміну від FastA, програма BLAST може змінюватися відповідно до потреб користувача. Тому це ще одна відмінність між BLAST та FastA.

Наведена нижче інформація про різницю між BLAST та FastA надає більше деталей.

Підсумок - BLAST проти FastA

BLAST і FastA - дві програми, які дозволяють користувачеві порівнювати свою послідовність запитів із послідовностями в існуючих базах даних та перевіряти схожість. Початковою метою FastA було порівняння лише послідовностей білків. Але модифікована версія цього програмного забезпечення полегшує порівняння білків і послідовностей ДНК. Хоча FastA є хорошим програмним забезпеченням, більшість людей використовують інструмент вирівнювання BLAST, оскільки він більш популярний і дає більш точні та швидкі результати, ніж FastA. Також інструмент BLAST може змінюватися відповідно до вимог користувача. Якщо коротко, це підсумовує різницю між BLAST та FastA.

Довідка:

1.Мадден, Томас. "Інструмент аналізу послідовності BLAST". Поточні звіти з неврології та неврології., Національна медична бібліотека США, 15 березня 2013 р. Доступно тут 

Надано зображення:

1. "Результати вибуху CCDC132" від NCBI Blast - NCBI Blast, (Public Domain) через Commons Wikimedia  
2. "Промоторський регіон FAM149A (формат FASTA)" LarsonGCD - Власна робота, (CC BY-SA 3.0) через Wikimedia Commons