Різниця між тупим і липким кінцевим перев’язкою

Ключова різниця - "Блант проти ліпкого кінця"
 

Рестрикційні ендонуклеази - це специфічні ферменти, які розрізають дволанцюжкову ДНК (dsDNA). Вони також відомі як молекулярні ножиці в молекулярній біології. Рестрикційні ферменти здатні розпізнавати специфічні короткі послідовності dsDNA, відомі як сайти розпізнавання, і розщеплюють фосфодіефірні та водневі зв’язки, щоб відкрити подвійні ланцюги. В результаті розщеплення цими ферментами утворюються фрагменти ДНК з різними типами кінців, такими як липкі кінці та тупі кінці. ДНК-лігаза - це фермент, який використовується в молекулярній біології для об'єднання двох сусідніх ланцюгів ДНК, утворюючи нові зв’язки. Етап відомий як лігація і відповідно до типу кінця ліги ДНК, вони можуть називатися тупою кінцевою лігацією та липкою кінцевою лігацією. Ключова різниця між тупою і липкою торцевою перев'язкою полягає в тому, що тупа кінцева зв'язка відбувається між фрагментами ДНК, які містять два тупих кінця тоді як липке торцеве перев'язування відбувається між 5 'і 3' перекриттями. У порівнянні з тупою кінцевою перев'язкою, липке торцеве перев'язування є більш ефективним та стабільним.

ЗМІСТ
1. Огляд та ключові відмінності
2. Що таке тупі перев'язки
3. Що таке Клейка кінцева перев'язка
4. Поплечне порівняння - Блант проти липкої кінцівки
5. Підсумок

Що таке тупий кінець перев'язки?

Деякі ендонуклеази рестрикції можуть розрізати ДНК на протилежних базах і утворювати тупі кінці фрагментів ДНК. Ці ферменти відомі як тупі кінцеві фрези; вони розщеплюються прямо до середини місця обмеження, не залишаючи одиночних ниток, що нависають. Тупі кінці також відомі як невисокі кінці, оскільки на кінцях вони не мають 3-х та 5-дюймових навісних основ. Обидві нитки закінчуються від основних пар тупими кінцями. Поширеними ферментами тупого різання є EcoRV HaeIII, AluI і SmaI.

Тупа кінцева перев'язка задіяна між двома тупими кінцями. Це не перев'язка виступаючих основ. Ця перев'язка є менш ефективною, ніж липка кінцева лігація. Однак в деяких випадках тупа кінцева лігація стає більш вигідною, ніж липка кінцева лігація, особливо при лігуванні продуктів ПЛР. Продукти ПЛР завжди випускаються з тупими кінцями. Тупий кінець лігування не вимагає комплементарних кінців у ДНК для лігування.

Малюнок 01: Тупе закінчення виробництва ферментом Eco RV

Що таке Клейка кінцева перев'язка?

Деякі ендонуклеази рестрикції здатні вирізати dsDNA, залишаючи на кінці вищий шматочок одноланцюгової ДНК. Ці кінці відомі як липкі або звисаючі кінці. Клейке кінцеве перев’язування відбувається між двома фрагментами ДНК, які містять відповідні перегини, тому що липкі кінці мають непарні основи і потребують взаємодоповнюючих підстав для утворення зв’язків. Отже, необхідно використовувати один і той же рестрикційний фермент для обох джерел ДНК для одержання відповідних лігіруючих фрагментів.

Клейка кінцева перев'язка є більш ефективною і часто дуже бажана в процесах клонування. Є кілька рестрикційних ферментів, які утворюють липкі кінці. Це EcoRI, BamHI, HindIII тощо.

Малюнок 02: Клейке кінцеве вироблення ферментом Eco RI

У чому різниця між тупим і липким кінцевим перев’язкою?

Блант проти липкої кінцівки
Тупа кінцева зв'язування відбувається між двома фрагментами тупої ДНК.	Клейке кінцеве перев’язування відбувається між двома збіжними фрагментами ДНК з липкими кінцями.
Ферменти
Тупими кінцевими різаками утворюються тупі кінці.	Клейкі кінцеві різці створюють липкі або згуртовані кінці.
Вимога відповідних кінців
Він не вимагає узгодження фрагментів або додаткових основ.	Для формування пар підстав потрібні додаткові основи на кінцях.
Ефективність
Він менш ефективний, ніж липке торцеве перев'язування	Це ефективніше, ніж тупа перев'язка.

Підсумок - "Блант проти ліпкого кінця"

Рестрикційні ендонуклеази здатні розщеплювати dsDNA та утворювати фрагменти ДНК з різними кінцями. Вони розпізнають конкретні послідовності і обмежують ДНК, створюючи липкі і тупі кінці. Клейкі кінці мають непарні основи на кінці фрагментів. Тупі кінці створюються за рахунок прямого розщеплення і на кінцях вони мають основи. Клейке кінцеве перев'язування вимагає двох комплементарних одноланцюжкових фрагментів ДНК. Тупа кінцева зв'язка відбувається між будь-якими двома тупими кінцевими фрагментами. Це різниця між тупою і липкою перев'язкою.

Список літератури:
1. Робертс, Річард Дж. "Як рестрикційні ферменти стали робочими конями молекулярної біології". Праці Національної академії наук. Національні академічні науки, н.д. Веб. 12 квітня 2017р
2. Аднан, Амна. Використання рестрикційних ферментів у біотехнології. Н.п., н.д. Веб. 12 квітня 2017р

Надано зображення:
1. "EcoRV Restriction Site.rsh" від Ramin Herati - Створено Inkscape (Public Domain) через Commons Wikimedia
2. "Рестрикційний фермент Eco RI" від Tinastella - Власна робота (Public Domain) через Commons Wikimedia