Різниця між хромосомною ходьбою та стрибками

Ключова різниця - Хромосомна ходьба проти стрибків
 

Хромосомна ходьба та стрибки з хромосоми - два технічних інструменти, що використовуються в молекулярній біології для локалізації генів на хромосомах та фізичного відображення геномів. Хромосомна ходьба - це техніка, яка використовується для клонування гена-мішені в геномній бібліотеці шляхом повторної ізоляції та клонування сусідніх клонів геномної бібліотеки. Хромосомні стрибки - це особливий варіант хромосомної ходьби, який долає точки перелому хромосомної ходьби. Хромосомна ходьба може лише послідовувати і відображати невеликі довжини хромосом, тоді як хромосомні стрибки дозволяють секвенувати великі частини хромосом. Це ключова відмінність хромосомної ходьби від хромосомних стрибків.

ЗМІСТ
1. Огляд та ключові відмінності
2. Що таке хромосомна ходьба
3. Що таке стрибки з хромосомою
4. Побічне порівняння - Хромосома ходьба проти стрибків
5. Підсумок

Що таке Хромосома Ходьба?

Хромосомна ходьба - це інструмент, який досліджує невідомі ділянки послідовностей хромосом за допомогою перекриваючих рестрикційних фрагментів. У ході хромосоми частина відомого гена використовується як зонд і продовжується з характеристикою повної довжини хромосоми, яка підлягає картографуванню або секвенуванню. Це йде від маркера до цільової довжини. У ході хромосоми кінці кожного фрагмента, що перекривається, використовуються для гібридизації для ідентифікації наступної послідовності.

Зонди готуються з кінцевих шматочків клонованої ДНК і їх субклонують. Потім вони використовуються для пошуку наступного фрагмента, що перекривається. Усі ці послідовності, що перекриваються, використовуються для побудови генетичної карти хромосоми та пошуку генів-мішеней. Це метод аналізу довгих ділянок ДНК невеликими перекриваються фрагментами з реконструйованої геномної бібліотеки.

Техніка ходьби з хромосомою - кроки

1. Виділення фрагмента ДНК, який містить відомий ген або маркер поблизу цільового гена

2. Підготовка карти обмеження вибраного фрагмента та субклонування кінцевої області фрагмента для використання в якості зонда
3. Гібридизація зонда з наступним фрагментом, що перекривається
4. Підготовка карти обмеження фрагмента 1 і субклонування кінцевої області фрагмента 1 для використання в якості зонда для ідентифікації наступного перекриваючого фрагмента.
5. Гібридизація зонда з наступним перекриваючим фрагментом 2

6. Підготовка карти обмеження фрагмента 2 і субклонування кінцевої області фрагмента 2, яка служить зондом для ідентифікації наступного перекриваючого фрагмента

Наведені вище кроки слід продовжувати до досягнення цільового гена або до 3 'кінця загальної довжини послідовності.

Малюнок 01: Техніка ходьби за хромосомою

Хромосомна ходьба є важливим аспектом цитогенетики у пошуку SNP багатьох організмів та аналізі генетично переданих захворювань та пошуку мутацій відповідних генів.

Що таке стрибки з хромосомою?

Хромосомні стрибки - це техніка, яка використовується в молекулярній біології для фізичного відображення геномів організмів. Ця методика була введена для подолання бар'єру хромосомної ходьби, який виник при знаходженні повторюваних ділянок ДНК під час процесу клонування. Тому техніку стрибків з хромосомою можна розглядати як особливий варіант хромосомної ходьби. Це швидкий метод порівняно з хромосомною ходьбою і дозволяє обійти повторювані послідовності ДНК, які не схильні клонувати під час хромосомної ходьби. Хромосомні стрибки звужують проміжок між цільовим геном та доступними відомими маркерами для картографування геному.

Хромосомний інструмент для стрибків хромосоми починається з вирізання конкретної ДНК із спеціальними рестрикційними ендонуклеазами та перев'язки фрагментів у циркульовані петлі. Потім грунтовку, розроблену з відомої послідовності, використовують для послідовності циркуляційних петель. Цей праймер дає можливість стрибків та послідовних послідовностей альтернативним способом. Отже, він може обійти повторювані послідовності ДНК і швидко пройти через хромосому для пошуку цільового гена.

Виявлення генових кодуючих захворювань на муковісцидоз було здійснено за допомогою хромосомного інструменту для стрибків. У поєднанні разом хромосомні стрибки та ходьба можуть посилити процес картографування геному.

Малюнок 02: Стрибки з хромосоми

Яка різниця між хромосомною ходьбою та стрибками?

Хромосома ходьба проти стрибків
Хромосома - це засіб, що використовується в молекулярній біології для картографування геномів та визначення конкретних генів.	Хромосомні стрибки - це інструмент, що використовується для фізичного картографування геномів та швидкого знаходження генів-мішеней у хромосомах.
Порівняльна довжина послідовності
Хромосомною ходьбою можна клонувати лише невеликі фрагменти.	Більша довжина хромосом може бути відображена за допомогою хромосомних стрибків.
Клонування повторюваної ДНК у хромосомах
Техніка ходьби хромосомою має труднощі при ходьбі через повторювані послідовності ДНК, виявлені в хромосомах.	Це дозволяє обійти повторювані послідовності ДНК. Тому немає ніяких труднощів при пошуку їх під час послідовності.
Фактори, що впливають на процеси
Успіх процесу залежить від розміру генома та відстані, яку необхідно пройти від відомого геномного положення до потрібного гена.	Успіх не залежить від розміру геному відстані від маркера до цілі.
Вплив неклонованої ДНК
Хромосомну ходьбу можна зупинити неклінованими фрагментами ДНК.	Пікоколо з найнижчою нотою може грати D4.
Потреба у відомій послідовності
Процес починається з відомого гена поблизу цілі.	Процес вимагає відомого фрагмента для проектування грунтовки.

Підсумок - Хромосома ходьба проти стрибків

Хромосомну ходьбу часто застосовують, коли відомо, що певний ген розташований поблизу раніше клонованого гена в хромосомі, і його можна ідентифікувати за допомогою повторної ізоляції сусідніх геномних клонів з геномної бібліотеки. Однак коли під час хромосомної ходьби виявляються повторювані ділянки ДНК, процес не може бути продовжений. Отже, техніка відривається від цієї точки. Хромосомні стрибки - це молекулярний біологічний інструмент, який долає це обмеження для відображення геномів. Він обходить ці повторювані ділянки ДНК, які важко клонувати, і допомагає у фізичному відображенні геномів. У цьому головна відмінність хромосоми від ходьби та стрибків.

Список літератури:
1. Накасеко, Юкінобу, Ясухіса Адачі, Шін-Ічі Фунахасі, Осамі Ніва та Міцухіро Янагіда. «Хромосомна ходьба показує сильно гомологічну повторювану послідовність, яка присутня у всіх центромерних областях дріжджів, що поділяються». Журнал EMBO. Національна медична бібліотека США, травень 1986. Веб. 22 березня 2017 року
2. Тахері, Алі. "Хромосома ходьба та стрибки". Просування в генній інженерії. OMICS International, 30 жовтня 2013. Веб. 22 березня 2017 року