Різниця між FISH та CGH

The ключова різниця між FISH та CGH це те, що FISH - молекулярна методика, яка виявляє специфічну послідовність ДНК на хромосомі за допомогою флуоресцентно мічених зондів, тоді як CGH - ще одна молекулярна цитогенетична методика, яка виявляє зміни в геномній ДНК.

Цитогенетичний аналіз відіграє важливу роль у медицині при виявленні хромосомних порушень, таких як анеуплоїдії, делеції, дублювання та перестановки тощо. Хромосомні аномалії з часом призводять до генетичних захворювань, таких як рак, безпліддя, синдром Дауна, синдром Клайнфелтера, синдром Тернера, лейкемія тощо . Існують різні молекулярні цитогенетичні методи виявлення вищезазначених дефектів та захворювань. Серед них FISH (флуоресцентна гібридизація in situ) та CGH (порівняльна геномна гібридизація) - дві потужні методи гібридизації. Однак обидва методи мають плюси і мінуси.

ЗМІСТ

1. Огляд та ключові відмінності
2. Що таке риба 
3. Що таке CGH
4. Подібність між FISH та CGH
5. Порівняльне порівняння - FISH vs CGH у табличній формі
6. Підсумок

Що таке РИБА?

FISH - техніка гібридизації нуклеїнової кислоти, яка виконується на частині або ділянці тканини, у всій тканині або клітинах. Це зондовий метод. Методика залежить від теорії додаткового спарювання базових даних Уотсона Крика, в результаті чого виникають або ДНК - гібриди ДНК, або ДНК - РНК-гібриди, які, таким чином, можуть виявляти мутовані гени або ідентифікувати цікавлять ген. Крім того, ця методика використовує одноланцюгові послідовності ДНК, дволанцюгові послідовності ДНК, одноланцюгові РНК-послідовності або синтетичний олігонуклеотид, отриманий з використанням нік-трансляції в якості зондів, які доповнюють цікавлять послідовності генів. Крім того, найважливішою особливістю цієї методики є маркування зондів флуоресцентними барвниками. Таким чином, зонди зв'язуються з комплементарними частинами хромосоми і полегшують їх виявлення.

Більше того, FISH - це дуже чутливий і специфічний метод. Отже, це загальна методика як в дослідженнях, так і в діагностиці гематологічних злоякісних новоутворень і солідних пухлин. Але, FISH показує низьку роздільну здатність. Він також вимагає попереднього знання цільової аномалії для проектування послідовностей зондів.

Малюнок 01: РИБИ

Існує багато застосувань FISH, головним чином у молекулярній діагностиці інфекційних захворювань для виявлення наявності збудників та підтвердження збудника за допомогою молекулярної діагностики. Більше того, FISH - це широко застосовувана методика в галузі біології розвитку, каріотипізації та філогенетичного аналізу та фізичного відображення хромосом.

Що таке CGH?

Порівняльна геномна гібридизація (CGH) - ще одна молекулярна цитогенетична методика на основі ДНК, яка дозволяє виявити зміни геномних послідовностей ДНК. Метод - це вдосконалений метод, який може аналізувати модифікації хромосом і генів для виявлення змін або змін в геномних послідовностях ДНК. Крім того, CGH вимагає виділення та фрагментації ДНК з експериментального зразка та еталонного зразка. Потім зразки слід маркувати за допомогою двох різних флуоресцентних барвників (зазвичай червоного та зеленого). Пізніше обидва зразки змішуються і допускаються до конкурентної гібридизації. Останнім кроком є ​​аналіз зразків на зміни в ДНК, таких як дублювання генів, втрата генів тощо. Особливо він вимірює різниці в кількості копій ДНК між тестовим зразком і контрольним зразком.

Малюнок 02: CGH

Інша версія CGH доступна зараз; це більш досконалий метод, ніж звичайний ХГЧ. Це методика, яка називається CGH на основі масиву або aCGH. aCGH дозволяє точно визначити делецію генів або послідовностей у багатьох тисячах послідовностей в одному експерименті.

Які подібності між FISH та CGH?

• FISH і CGH - це дві молекулярні методи.
• І FISH, і CGH покладаються на гібридизацію нуклеїнових кислот.
• Також обидві методики потребують розроблених зондів для виявлення конкретних цілей ДНК.
• Ми використовуємо їх для внутрішньоутробної та постнатальної діагностики генетичних захворювань.
• Крім того, і FISH, і CGH є дуже потужним інструментом для вивчення геномних змін.
• Для маркування зондів вони використовують флуоресцентні барвники.

Яка різниця між РИБОМ та СГГ?

FISH - це на місці процедура гібридизації, яка використовує флуоресцентні зонди для виявлення специфічних послідовностей ДНК, тоді як CGH - метод молекулярної гібридизації, що виявляє зміни геномних послідовностей ДНК. Отже, це ключова відмінність FISH від CGH.

Більше того, FISH вимагає попереднього знання цільової аномалії для проектування послідовностей зондів, тоді як CGH не вимагає попередніх знань. Крім того, подальша відмінність між FISH і CGH полягає в тому, що FISH демонструє обмежену роздільну здатність, а aCGH - високу роздільну здатність.

Нижче наведена інфографіка підсумовує різницю між FISH та CGH.

Підсумок - FISH vs CGH

FISH і CGH - це дві молекулярні цитогенетичні методи, які полегшують виявлення цікавлять генових послідовностей. FISH полегшує виявлення специфічної послідовності ДНК на хромосомі за допомогою флуоресцентно мічених зондів, тоді як CGH полегшує виявлення змін в геномній ДНК. Отже, це ключова відмінність FISH від CGH.

Довідка:

1. «Флуоресценція в гібридизації ситу» (FISH) »Nature News, Nature Publishing Group, доступна тут.
2. Хестер, Сьюзан Д, та ін. "Порівняння технологій порівняльної геномної гібридизації на платформах Microarray". Журнал біомолекулярних методик: JBT, Асоціація біомолекулярних ресурсів, квітень 2009 р., Доступний тут.

Надано зображення:

1. "Аналіз риб мультиплексу ViewRNA в осередках Jurkat та HeLa" Райан Джеффс - власна робота (CC BY-SA 3.0) через Wikimedia Commons
2. "Схема CGH" від Mbaudis (бесіда) (Uploads) - власна робота (CC BY 2.5) через Commons Wikimedia