Різниця між послідовністю ієрархічного та цільного геному

The ключова різниця між послідовністю ієрархічного та цілого послідовності рушниць у геному в ієрархічному секвенуванні рушниці геном розбивається на більші фрагменти перед секвенуванням, тоді як при секвенуванні цільної рушниці весь геном розбивається на невеликі фрагменти для секвенування.

Послідовність - важливий прийом у молекулярних процесах, особливо при точній ідентифікації видів. Фактично, це техніка визначення точного порядку нуклеотидів у гені чи геномі. Існує багато прийомів секвенування. Деякі з них включають метод Максама Гілберта, метод Сангера та автоматизований метод Сангера.

ЗМІСТ

1. Огляд та ключові відмінності
2. Що таке ієрархічне послідовне рушницю
3. Що таке секвенція дробовиків у цілому геномі
4. Подібність між ієрархічним та послідовним послідовним використанням генома
5. Порівняльне порівняння - послідовність ієрархічного проти цільного генома у вигляді таблиць
6. Підсумок

Що таке ієрархічне секвенування рушниці?

Ієрархічне секвенування рушниці - один із способів послідовності. Його також називають «послідовністю згори вниз». Далі цей спосіб складається з двох етапів: перший крок - ампліфікація геному, а другий етап - фрагментація геному. У цьому способі геном спочатку зрізають на великі фрагменти. Після цього відбувається клонування цих великих фрагментів у різних господарів за допомогою векторів або штучних хромосом. Потім ці рекомбінантні вектори розташовуються в бібліотеці. Під час секвенування рушниці рекомбінантні векторні клони проходять секвенування індивідуально. Фрагменти в клонах піддаються рестрикційному розщепленню для подальшого зменшення розміру геному, тим самим піддаються секвенуванню.

Малюнок 01: Ієрархічне послідовне рушницю

Під час ієрархічного послідовності рушниць великі шматки фрагментів повинні бути розташовані в порядку до послідовності рушниці. Це відбувається за допомогою молекулярних маркерів, які включаються в процесі клонування.

Ієрархічне послідовність рушниць створює карту генів низької роздільної здатності. Але це створює впорядковану карту послідовностей. Таким чином, це займає більшу тривалість, ніж пряме послідовність. Весь процес затримується через створення рекомбінантної векторної бібліотеки. Це теж трудомістка техніка. Однак в даний час техніка автоматизована для полегшення роботи.

Що таке секвенція дробовиків у цілому геномі?

Послідовність цільного послідовного рушничного генома - це процес однорядного секвенування. У цьому процесі на перший план відбувається зрізання всього геному. Слідом за цим кожен з цих невеликих фрагментів зазнає послідовного послідовності. Після завершення секвенування відбувається аналіз послідовностей. Під час аналізу послідовностей послідовності, що перекриваються, видаляються, і аналіз не є впорядкованим процесом. Тому складання послідовностей є менш ефективним процесом порівняно з ієрархічним послідовністю рушниць. Однак процес секвенування рушниць цілого генома відбувається швидше, і аналіз цілого генома може відбуватися в одному екземплярі.

Які подібності між ієрархічним та послідовним послідовним використанням генома?

• Ієрархічне та ціле послідовність рушниць у геному - це два підходи до послідовності.
• Обидва піддаються послідовності Сангера або автоматизовані методи секвенування Сангера.
• Вони беруть участь у секвенуванні фрагментів ДНК та РНК.
• Більше того, обидва методи важливі в молекулярній діагностиці та дослідженнях.
• В даний час обидві методи є автоматизованими або комп'ютерними.
• Обидві методи покладаються на фрагментацію геному.

Яка різниця між ієрархічним та послідовним послідовним використанням генома?

Ієрархічне секвенування рушниці генерує фрагменти більшого розміру порівняно з послідовностями цільних генометів, які працюють з невеликими фрагментами послідовностей. Отже, це ключова відмінність між ієрархічним та послідовним руйнуванням рушниць у цілому геному. Крім того, ієрархічне послідовність рушниць складається з двох основних кроків, тоді як послідовність рушниць у цілому геному спирається на один головний крок.

Крім того, ще одна відмінність між ієрархічним та послідовним руйнуванням рушниць у цілому геномі полягає в тому, що роздільна здатність є вищою у послідовності рушниць із цілої генома порівняно з ієрархічною послідовністю рушниці..

Наведена нижче інфографіка підсумовує різницю між ієрархічним та послідовним руйнуванням рушниць.

Короткий зміст - Ієрархічна послідовність послідовних рубежів проти генома

Ієрархічне та цілісне геноментування послідовностей рушниць - це дві методи послідовності послідовності великих геномів. Ієрархічна послідовність рушниці - це двоетапний процес секвенування, коли геном розбивається на більші фрагменти. На відміну від цього, ціле послідовність рушниць із цільним геномом - це одноступінчасте секвенування, де геном розбивається на невеликі фрагменти та безпосередньо секвенується. Таким чином, це є ключовою відмінністю між ієрархічним та послідовним руйнуванням рушниць у цілому геному. Більше того, технічні аспекти можуть відрізнятися між двома методиками.

Довідка:

1. Уотерстон, Роберт Н та ін. "Про секвенування геному людини". Праці Національної академії наук Сполучених Штатів Америки, Національної академії наук, 19 березня 2002 р., Доступні тут.
2. Пал, Шітал. "Послідовність геномів". LinkedIn SlideShare, 4 листопада 2014 р., Доступний тут.

Надано зображення:

1. «Послідовність цільного генома рушниць проти ієрархічного послідовності рушниць» Комінс, Дж., Тофт, К., Фарес, М. А. - «Методи обчислювальної біології та їх застосування до порівняльної геноміки ендоцелюлярних симбіотичних бактерій комах». Біол. Процедури в Інтернеті (2009). Доступ здійснюється через SpringerImages (CC BY-SA 2.5) через Wikimedia Commons