Різниця між метагеномікою та метатранскриптомікою

The ключова різниця між метагеномікою та метатранскриптомікою залежить від типу досліджуваних біомолекул у кожній області. Метагеноміка вивчає ДНК, її послідовності та поведінку в організмах, в той час як метатранскриптоміка вивчає транскрибовану ДНК, переважно послідовності мРНК та її поведінку в організмах.

Метагеноміка та метатранскриптика - це два напрямки, які за останні роки здобули велику популярність стосовно мікробної спільноти. Вони важливі в галузі охорони здоров'я, промисловості та сільськогосподарських біотехнологій. І метагеноміка, і метатранскриптика дозволяють вивчати окремі організми в громаді та їх функціональні ролі, які є корисними або шкідливими.

ЗМІСТ

1. Огляд та ключові відмінності
2. Що таке метагеноміка 
3. Що таке метатранскриптика
4. Подібність між метагеномікою та метатранскриптомікою
5. Порівняльне порівняння - метагеноміка проти метатранскриптика в табличній формі
6. Підсумок

Що таке метагеноміка?

Метагеноміка - це поле дослідження, яке досліджує дезоксирибонуклеїнову кислоту (ДНК). Це найбільше стосується мікробної спільноти. Крім того, це більш розвинене поле порівняно з геномікою. У геноміці відбувається аналіз ДНК конкретних організмів. Однак метагеноміка передбачає аналіз генетичного матеріалу по всій спільноті організмів. Таким чином, це дозволяє вивчити поведінку спільноти організмів, що відносяться до однієї умови чи одного середовища.

Малюнок 01: Метагеноміка

Основна техніка, що бере участь у дослідженнях метагеноміки, - це послідовне покоління нового покоління (NGS), яке використовує технологію мікромасив. Методи NGS можуть аналізувати кілька організмів в одній реакції на наявність або відсутність специфічних послідовностей ДНК. Ці послідовності ДНК можуть бути відповідальними за стан хвороби або стан навколишнього середовища. Отже, використовуючи метагеномічні знання, скринінг організмів можна зробити легко і точно. Послідовність послідовностей під час NGS відбувається в коротких показаннях і відбувається профілювання ДНК організмів. Послідовність ДНК 16-х років є популярною послідовністю, вивченою в метагеноміці щодо мікроорганізмів.

Після послідовності спільноти організмів слід здійснити вирівнювання послідовностей. Такі інструменти, як базовий інструмент послідовності локальної вирівнювання (BLAST), використовуються для виконання завдання вирівнювання. Після вирівнювання філогенетичне дерево забезпечує взаємозв'язок кожного організму в громаді та деталі щодо його поведінки.

Що таке метатранскриптика?

Метатранскриптоміка - це галузь дослідження, яка має справу з стенограмою організму. Транскриптом являє собою всі послідовності РНК, транскрибовані під час транскрипції ДНК. Послідовності мРНК, присутні в транскриптомі, дають інформацію про генетичну експресію. Метатранскриптоміка - це аналіз безлічі транскриптомів у популяціях чи спільнотах.

Малюнок 02: Аналіз стенограми

У дослідженнях метатранскриптоміки також використовуються технології мікромасив для пошуку послідовностей коротких читаних послідовностей. Крім того, метатранскриптика також включає ретельний аналіз біоінформатики з використанням інструментів вирівнювання та методів проектування дерев. Однак сфера метатранскриптоміки набагато складніше порівняно з метагеномікою. Екстракція мРНК або РНК в цілому не така проста, як здається. Оскільки РНК дуже схильна до руйнування та має дуже короткий час життя, то обслуговування та зберігання їх може бути можливим запитом.

Які схожість між метагеномікою та метатранскриптомікою?

• Метагеноміка та метатранскриптика є високими пропускними методами для аналізу спільнот організмів, переважно мікробних спільнот.
• Обидві методи використовують мікромасивні технології для отримання висновків.
• Отримані результати часто аналізують за допомогою вирівнювання BLAST та філогенетичних дерев.
• Більше того, обидві методи орієнтовані не на один організм, а на групу чи спільноти.
• Крім того, обидва поняття також вивчаються здебільшого стосовно мікробів - головна причина їх різноманітних ролей.

Яка різниця між метагеномікою та метатранскриптомікою?

Метагеноміка та метатранскриптика передбачає аналіз генетичної речовини в спільноті організмів. Таким чином, метагеноміка стосується закономірностей і послідовностей ДНК, тоді як метатранскриптоміка стосується аналізу мРНК або транскрибованої ДНК. Отже, це ключова відмінність між метагеномікою та метатранскриптомікою.

Більше того, процедура вилучення відрізняється в обох методах; метагеноміка включає процедури вилучення ДНК, а метатранскриптика включає процедури екстракції РНК. Отже, це також суттєва різниця між метагеномікою та метатранскриптомікою.

Наведена нижче інфографіка підсумовує різницю між метагеномікою та метатранскриптомікою:

Короткий зміст - Метагеноміка проти метатранскриптоміки

Метагеноміка та метатранскриптика є новими напрямами дослідження, які аналізують спільність організмів для певного стану. Таким чином, метагеноміка відноситься до аналізу послідовностей ДНК. Навпаки, метатранскриптика стосується аналізу послідовностей РНК або транскрибованих продуктів ДНК. У зв'язку з цим метатранскриптика дозволяє ідентифікувати експресію генів для конкретного випадку. Обидва важливі при аналізі мутацій та їх ефектів. Це швидкі та більш надійні методи, що застосовуються для попередньої діагностики. Таким чином, це підсумок різниці між метагеномікою та метатранскриптомікою.

Довідка:

1. Aguiar-Pulido, Vanessa та ін. «Метагеноміка, метатранскриптика та метаболомічний підхід для аналізу мікробіомів». Evolutionary Bioinformatics Online, LibertasAcademica, 12 травня 2016 р., Доступний тут.

Надано зображення:

1. "pcbi.1002808.g001" Фігури філогенезу (CC BY 2.0) через Flickr
2. "Транскриптова фігура 3" від Danny556 (розмова) - саморобна (C BY-SA 3.0) через Flickr