Різниця між мікро-масивом та секвенуванням РНК

Ключова різниця - Microarray проти послідовності РНК
 

Транскриптом являє собою весь вміст РНК, присутній у клітині, включаючи мРНК, рРНК, тРНК, деградовану РНК та недеградовану РНК. Профілювання стенограми є важливим процесом для розуміння розуміння клітини. Існує кілька вдосконалених методів транскрипційного профілювання. Microarray та RNA секвенування - це два типи технологій, розроблених для аналізу транскрипту. Ключова різниця між послідовністю мікромасив та РНК полягає в тому, що мікроматриця базується на потенціалі гібридизації заданих мічених зондів із цільовими послідовностями кДНК, тоді як послідовність РНК заснована на прямому послідовності ланцюгів кДНК за допомогою передових методів секвенування, таких як NGS. Мікроматриця виконується з попередніми знаннями про послідовності, а послідовність РНК проводиться без попереднього знання про послідовності.

ЗМІСТ
1. Огляд та ключові відмінності
2. Що таке Microarray
3. Що таке послідовність РНК
4. Поплечне порівняння - Microarray проти послідовності РНК
5. Підсумок

Що таке Microarray?

Microarray - надійний, надійний і високопропускний метод, який використовується вченими стенограми. Це найпопулярніший підхід для аналізу стенограми. Це недорогий метод, який залежить від зондів гібридизації.

Методика починається з вилучення мРНК із зразка та побудови бібліотеки кДНК із загальної РНК. Потім його змішують із флюоресцентно міченими передбаченими зондами на твердій поверхні (точкової матриці). Комплементарні послідовності гібридизуються з міченими зондами в мікромасиві. Потім мікромасив промивають і перевіряють, а зображення оцінюють кількісно. Зібрані дані слід проаналізувати, щоб отримати відносні профілі експресії.

Інтенсивність зондів мікромасив вважається пропорційною кількості стенограми у зразку. Однак точність методики залежить від розроблених зондів, попереднього знання послідовності та спорідненості зондів до гібридизації. Отже, технологія microarray має обмеження. Техніка мікроматриці не може бути виконана зі стенографами з невеликою кількістю. Він не в змозі диференціювати ізоформи та виявити генетичні варіанти. Оскільки цей метод залежить від гібридизації зондів, деякі проблеми, пов’язані з гібридизацією, такі як перехресна гібридизація, неспецифічна гібридизація тощо, виникають у техніці мікромасив.

Малюнок 01: Мікромасив

Що таке послідовність РНК?

Послідовність рушниць РНК (Послідовності РНК) - нещодавно розроблена ціла техніка послідовності транскрипту. Це швидкий і високопропускний метод транскрипційного профілювання. Це безпосередньо кількісно оцінює експресію генів і призводить до глибокого дослідження транскрипту. Послідовність РНК не залежить від заданих зондів або попереднього знання послідовностей. Отже, послідовний метод РНК має високу чутливість та здатність виявляти нові гени та генетичні варіанти.

Метод секвенування РНК проводиться через кілька етапів. Загальна РНК клітини повинна бути виділена і фрагментована. Потім, використовуючи зворотну транскриптазу, слід підготувати бібліотеку кДНК. Кожен ланцюг кДНК повинен бути зв’язаний адаптерами. Потім перев’язані фрагменти необхідно посилити і очистити. Нарешті, використовуючи метод NGS, слід провести секвенування кДНК.

Малюнок 02: Послідовність РНК

Яка різниця між послідовностями Microarray та РНК?

Microarray vs послідовності РНК
Microarray - надійний, надійний метод з високою пропускною здатністю.	Послідовність РНК - це точний і високопропускний метод.
Вартість
Це недорогий метод.	Це дорогий метод.
Аналіз великої кількості проб
Це полегшує аналіз великої кількості зразків одночасно.	Це полегшує аналіз великої кількості зразків.
Аналіз даних
Аналіз даних є складним.	У цьому методі генерується більше даних; отже, процес складніший.
Попереднє знання послідовностей
Цей метод заснований на зондах гібридизації, тому необхідне попереднє знання послідовностей.	Цей метод не залежить від знань попередньої послідовності.
Структурні варіації та нові гени
Цей метод не може виявити структурні зміни та нові гени.	Цей метод дозволяє виявити структурні зміни, такі як злиття генів, альтернативне сплайсинг та нові гени.
Чутливість
Це не може виявити відмінності в експресії ізоформ, тому це має обмежену чутливість.	Це має високу чутливість.
Результат
Це може призвести лише до відносних рівнів вираження. Це не дає абсолютної кількісної оцінки експресії гена.	Це дає абсолютний та відносний рівні вираження.
Аналіз даних
Це потрібно повторити, щоб реалізувати аналіз.	Дані секвенування можна повторно проаналізувати.
Потреба в конкретному персоналі та інфраструктурі
Конкретна інфраструктура та персонал не потрібні для мікромасив.	Конкретна інфраструктура та персонал, необхідний при послідовності РНК.
Технічні питання
Техніка Microarray має технічні проблеми, такі як перехресна гібридизація, неспецифічна гібридизація, обмежена частота виявлення окремих зондів тощо.	Техніка послідовності РНК дозволяє уникнути технічних проблем, таких як перехресна гібридизація, неспецифічна гібридизація, обмежена частота виявлення окремих зондів тощо.
Biases
Це необ'єктивний метод, оскільки він залежить від гібридизації.	Зміщення низьке порівняно з мікромасивом.

Підсумок - Microarray vs послідовності РНК

Методи послідовності мікромасив та РНК - це платформи з високою пропускною спроможністю, розроблені для профілювання стенограми. Обидва методи дають результати, які сильно корелюються з профілями експресії генів. Однак секвенування РНК має переваги перед мікромасивом для аналізу експресії генів. Секвенування РНК є більш чутливим методом для виявлення стенограмів з низькою кількістю, ніж мікромасив. Послідовність РНК також дозволяє диференціювати ізоформи та ідентифікувати варіанти генів. Однак мікромасив є загальним вибором більшості дослідників, оскільки послідовність РНК - це нова і дорога методика з проблемами зберігання даних та складним аналізом даних.

Список літератури:
1. Ванг, Чжун, Марк Герштейн та Майкл Снайдер. "RNA-Seq: революційний інструмент для транскриптоміки". Огляди природи. Генетика. Національна медична бібліотека США, січень 2009 року. Веб. 14 березня 2017 року
2.Роглер, Чарльз Е., Тетяна Чайковська, Ракель Норель, Альдо Массімі, Крістофер Плесія, Євгеній Рубашевський, Пол Зіберт та Леслі Е. Роглер. "Мікроматриці експресії РНК (REMs) - високопропускний метод вимірювання відмінностей в експресії генів у різних біологічних зразках." Дослідження нуклеїнових кислот. Oxford University Press, 01 січня 2004. Інтернет. 15 березня 2017 року
3. Чжао, Шенронг, Вай-Пінг Фунг-Ленг, Антон Біттнер, Карен Нго та Сюсюн Лю. "Порівняння RNA-Seq і Microarray в транскриптомне профілювання активованих Т-клітин". ПЛОС ОДИН. Публічна бібліотека наук, січень 2014. Веб. 15 березня 2017 року

Надано зображення:
1. "Journal.pcbi.1004393.g002": Малачі Гріффіт, Джейсон Р. Уокер, Нікольс Шпієнс, Бенджамін Дж. Айнскоф, Обі Л. Гріффіт - (CC BY 2.5) через Commons Wikimedia
2. "Microarray" Білла Бренсона (фотографа) - Національного інституту раку (публічне надбання) через Wikimedia Commons