Різниця між QTL та GWAS

The ключова різниця між QTL і GWAS покладається на тип послідовностей, що використовуються в аналізі. QTL використовує локуси генів зв'язку для аналізу фенотипічних ознак, пов’язаних з полігенним успадкуванням, тоді як GWAS використовує цілі послідовності геномів для аналізу поодиноких нуклеотидних поліморфізмів певного стану.

Карти QTL та GWAS відіграють важливу роль у генетичному аналізі різних ознак. Крім того, вони важливі при аналізі різних захворювань із невідомою етіологією. Крім того, секвенування відіграє ключову роль в обох методах. Ці методи можуть додатково поєднуватися з іншими методами високої пропускної здатності для підвищення точності та точності.

ЗМІСТ

1. Огляд та ключові відмінності
2. Що таке QTL 
3. Що таке GWAS
4. Подібність між QTL та GWAS
5. Порівняльне порівняння - QTL проти GWAS у табличній формі
6. Підсумок

Що таке QTL?

QTL означає Кількісний локус ознаки. Це область ДНК, пов'язана з фенотипічною ознакою. Як правило, QTL викликає полігенні ефекти. Розподіл QTL різниться, а кількість QTL свідчить про ступінь зміни певної фенотипічної ознаки. Крім того, вони, як правило, кодують основу безперервних ознак, а не дискретних ознак.

Після ідентифікації регіонів QTL важливо провести послідовність певної області QTL. Крім того, для спрощення досліджень та досліджень, послідовність та зберігання даних про послідовності загальних регіонів QTL відбувається із залученням біоінформатики. Ми називаємо цю техніку QTL-відображенням. Згодом база даних створює послідовність регіонів QTL.

Рисунок 01: Сканування QTL

Крім того, застосування послідовностей QTL покладаються в основному на інструмент BLAST, де подібність послідовностей може бути визначена. Це важливо при виведенні зв’язків між організмами. Крім того, це важливо при визначенні складності певного полігенного фенотипу. Це також визначає еволюцію певної риси.

В даний час аналіз QTL поєднується з іншими методами високої пропускної здатності, такими як мікроматриці ДНК. Це важливо при експресійному аналізі фенотипу. В даний час вчені зацікавлені у розробці бази даних QTL, оскільки регіони QTL відповідають за багато важливих рис різних видів.

Що таке GWAS?

GWAS означає Вивчення асоціації генома. Це також стосується досліджень цілих асоціацій геному. Ці дослідження зосереджуються переважно на спостережних дослідженнях. У ньому аналізуються генетичні варіанти різних особин, зазвичай пов'язані з певною ознакою. Більше того, для аналізу GWAS важливий весь геном.

Малюнок 02: GWAS

GWAS є важливим інструментом в аналізі поодиноких нуклеотидних поліморфізмів, пов'язаних з різними захворюваннями. Це також порівняльне дослідження різних одномолекулярних поліморфізмів у широкій популяції. Крім того, зразок дослідження GWAS дуже високий; отже, воно також приймає формат когортного дослідження поперечного перерізу.

Крім того, було проведено перше дослідження GWAS стосовно інфаркту міокарда та аналізу генів, пов'язаних з інфарктом міокарда. В даний час GWAS відіграє важливу роль у визначенні генетичного фону складних захворювань з невідомою етіологією.

Які подібності між QTL та GWAS?

• Для аналізу вони покладаються на дані послідовностей ДНК.
• Обидва пов'язані з генетичним фоном різних персонажів.
• Крім того, їм потрібні інструменти біоінформатики для отримання та інтерпретації результатів.
• Вони робляться на великих популяціях.

Яка різниця між QTL та GWAS?

QTL аналізує фенотипічні ознаки, пов’язані з полігенним успадкуванням, використовуючи зв'язані локуси генів, тоді як GWAS аналізує одномолекулярні поліморфізми певного стану, використовуючи цілі послідовності геномів. Таким чином, це ключова різниця між QTL та GWAS. Картографування QTL порівняно менш складна методика, ніж GWAS, оскільки вимагає цілого послідовності геномів.

Наведена нижче інфографіка підсумовує різницю між QTL та GWAS у табличному вигляді.

Підсумок - QTL проти GWAS

Картографування QTL та GWAS відіграють головну роль у визначенні генетичного фону різних фенотипічних ознак. Вони також допомагають аналізувати генетичний фон різних захворювань. QTL-відображення відображає зв'язуючі гени, відповідальні за безперервні ознаки, а також включає картування генів полігенного успадкування. З іншого боку, GWAS проводиться з аналізом цілого генома на одномолекулярні поліморфізми. Крім того, це відбувається для більшої кількості населення. Таким чином, це підсумок різниці між QTL та GWAS.

Довідка:

1. Лю, Руйксан та ін. "Аналіз GWAS та ідентифікація QTL властивостей якості волокна та компонентів врожаю бавовни високої щільності за допомогою збагачених маркерів SNP високої щільності." Frontiers in Plant Science, Frontiers Media S.A., 13 вересня 2018 р., Доступні тут.
2. “GWAS Vs. Qtl Mapping? " Останні повідомлення, доступні тут.

Надано зображення:

1. «Приклад широкомашинного сканування QTL з біології PLoS» Автор - Styrkarsdottir U, Cazier JB, Kong A, Rolfsson O, Larsen H та ін. (2003) Зв'язок остеопорозу з хромосомою 20p12 та асоціація з BMP2. PLoS Biol 1 (3): e69 (CC BY 2.5) через Wikimedia Commons
2. "Елементи алелей проти хвороби GWAS" Буш В. С. та Мур Дж. Дж. - Буш В. С., Мур Дж. (2012) Розділ 11: Дослідження асоціації генома. PLoS Comput Biol 8 (12): e1002822. doi: 10.1371 / journal.pcbi.1002822, (CC BY 2.5) через Wikimedia Commons