Різниця між RAPD та RFLP

Ключова різниця - RAPD проти RFLP
 

Генетичні маркери використовуються в молекулярній біології для виявлення генетичних варіацій між особинами і видами. Випадкова ампліфікована поліморфна ДНК (RAPD) та Поліморфізм довжини фрагмента обмеження (RFLP) - це два важливі молекулярні маркери, які звичайно використовуються в лабораторіях. RAPD проводять з короткими та довільними олігонуклеотидними праймерами, і він заснований на випадковому ампліфікації декількох локацій по всьому шаблону ДНК організму. RFLP виконують із специфічною ендонуклеазою рестрикції, і вона заснована на поліморфізмі отриманих фрагментів рестрикції та гібридизації. Ключова різниця між RAPL та RFLP полягає в тому, що RAPD - це тип ПЛР-техніки, виконаний без попереднього знання послідовності тоді як RFLP не бере участі в ПЛР і вимагає попередніх знань послідовності для здійснення методики.

ЗМІСТ
1. Огляд та ключові відмінності
2. Що таке RAPD
3. Що таке RFLP
4. Поплечне порівняння - RAPD проти RFLP
5. Підсумок

Що таке RAPD?

RAPD - корисний молекулярний маркер у молекулярній біології. Це швидка і проста техніка. RAPD може бути визначений як метод, який призводить до поліморфних послідовностей ДНК в результаті випадкової ампліфікації декількох локацій шаблону цільової ДНК. RAPD використовує короткі олігонуклеотидні праймери з довільними послідовностями для ампліфікації ПЛР. Праймери штучно синтезуються без попереднього знання послідовності. Отже, це розглядається як легкий і корисний прийом.

Наступні основні кроки пов'язані з RAPD.

1. Екстракція цільової ДНК
2. Ампліфікація декількох локацій цільової ДНК з використанням довільно вибраних праймерів
3. Гель-електрофорез ампліфікованих ПЛР-продуктів
4. Фарбування етидієм бромідом та ідентифікація поліморфізму

В результаті зміни відпалу ґрунтовки під час ампліфікації утворюються різні фрагменти різної довжини. Отже, візерунки обв’язки гелів різні у особин і видів. Таким чином, RAPD дозволяє виявити генетичні зміни між організмами в ідентифікації та диференціації.

RAPD застосовується в різних дослідженнях молекулярної біології, таких як ідентифікація генетичної різниці між тісно спорідненими видами, генографічне картографування, дактилоскопія ДНК, ідентифікація спадкових захворювань тощо.

Малюнок 01: RAPD

Що таке RFLP?

Поліморфізми довжини фрагмента рестрикції (RFLP) - це молекулярний маркер, який використовується в молекулярній біології для ідентифікації генетичної зміни в гомологічних послідовностях ДНК. Це перший генетичний маркер, розроблений для відбитків ДНК. Усі організми виробляють унікальні профілі ДНК при обмеженні специфічними рестрикційними ферментами. RFLP служить важливим інструментом для створення унікальних профілів ДНК особин та виявлення генетичної варіації серед них. Коли зразки ДНК засвоюються специфічними ендонуклеазами рестрикції, це дає різні профілі ДНК, які є унікальними для кожної людини. Отже, головним методом цього методу є виявлення генетичної зміни серед організмів шляхом обмеження гомологічної ДНК специфічними рестрикційними ферментами та аналіз поліморфізму довжини фрагмента за допомогою гель-електрофорезу та блоттінгу. Моделі пігментації є унікальними для кожного організму і характеризують конкретні генотипи.

Наступні кроки пов'язані з RFLP.

1. Виділення достатньої кількості ДНК із зразків
2. Фрагментація зразків ДНК із специфічним рестрикційним ендонуклеазою на коротку послідовність
3. Відокремлення отриманих фрагментів різної довжини методом електрофорезу агарозного гелю.
4. Перенесення гелевого профілю в мембрану методом Саузерн-блот
5. Гібридизація мембрани з міченими зондами та аналіз поліморфізму довжини фрагмента в кожному профілі

RFLP має різні сфери застосування, такі як діагностика спадкових захворювань, картографування генома, кримінальна ідентифікація в судових дослідженнях, тестування батьківства тощо.

Малюнок 02: Генотипування RFLP

Яка різниця між RAPD та RFLP?

RAPD проти RFLP
RAPD - молекулярний маркер на основі випадкових праймерів та ПЛР.	RFLP - це молекулярний маркер, заснований на виробництві фрагментів обмеження по довжині.
Обов’язковий зразок
Дрібних зразків ДНК достатньо для аналізу RAPD.	Для аналізу RFLP необхідна велика кількість вилученої проби ДНК.
Час
RAPD - швидкий процес.	RFLP - це трудомісткий процес.
Використання грунтовки
Використовуються випадкові праймери, і ті ж праймери можна використовувати для різних видів.	Види-специфічні зонди використовуються в RFLP для гібридизації.
Надійність
Надійність методики менша порівняно з RFLP.	RFLP - надійний прийом.
Блотінг
RAPD включає південне плямистість.	Саузерн-блот - це один крок RFLP.
Виявлення аллельної варіації
Різні аллелі не можуть виявити RAPD.	Алелієві варіації можна виявити за допомогою RFLP.
Необхідність знань послідовності
RAPD не вимагає попереднього знання послідовності.	Попередні знання послідовності необхідні для проектування зонда.
ПЛР
ПЛР бере участь у RAPD	ПЛР не бере участь у RFLP.
Відтворюваність
RAPD має низьку відтворюваність	RFLP має високу відтворюваність порівняно з RAPD.

Підсумок - RAPD проти RFLP

RAPD і RFLP - важливі маркери, що використовуються в молекулярній біології. Обидва способи здатні виявити генетичні зміни між організмами. RAPD виконується з використанням випадкових праймерів. RFLP виконують з використанням специфічних рестрикційних ферментів. Обидва методи дають унікальні для окремих організмів ДНК-профілі. RAPD задіяний порівняно мало кроків, ніж RFLP. Але це дає менш надійні та відтворювані результати, ніж RFLP. Це головна відмінність RAPD від RFLP.

Список літератури:
1. Дос, Ж. Б., Дж. Ніенхуа, П. Скрох, Дж. Тіванг, М. К. Слокум. "Порівняння генетичних маркерів RAPD та RFLP при визначенні генетичної подібності між генотипами Brassica oleracea L." TAG. Теоретична та прикладна генетика. Theoretische und angewandte Genetik. Національна медична бібліотека США, березень 1994. Веб. 12 квітня 2017р
2. Пауелл, Уейн, Мішель Морганте, Шаз Андре, Майкл Ханафей, Джулі Фогель, Скотт Тінгей та Антоні Рафальскі. “Порівняння RFLP, RAPD, AFLP

Надано зображення:
1. "RFLP генотипізація" Автор (невідомо) - Національний інститут охорони здоров'я (Public Domain) через Commons Wikimedia