Різниця між подібністю та тотожністю у вирівнюванні послідовності

The ключова різниця між подібністю та ідентичністю в послідовності вирівнювання є те подібність - це схожість (схожість) між двома послідовностями в порівнянні, тоді як ідентичність - це кількість символів, які точно збігаються між двома різними послідовностями.

Біоінформатика - це міждисциплінарна галузь науки, яка в основному включає молекулярну біологію та генетику, інформатику, математику та статистику. Вирівнювання послідовностей є головним терміном у біоінформатиці. Це процедура, в якій послідовності ДНК, РНК або білка влаштовані для ідентифікації областей подібності, що є наслідком функціональної, структурної або еволюційної взаємозв'язку між послідовностями. В кінці вирівнювання вони будуть представлені у вигляді рядків у матриці. Для вирівнювання однакових символів у послідовних колонах вставлені проміжки між залишками.

ЗМІСТ

1. Огляд та ключові відмінності
2. Що таке подібність у вирівнюванні послідовності
3. Що таке тотожність у вирівнюванні послідовності
4. Подібність між подібністю та тотожністю у вирівнюванні послідовності
5. Порівняльне порівняння - подібність проти тотожності в послідовності вирівнювання в табличній формі
6. Підсумок

Що таке схожість?

Подібність у вирівнюванні послідовностей - це схожість між двома послідовностями у порівнянні. Цей факт залежить від ідентичності послідовностей. Подібність зображує ступінь вирівнювання залишків. Отже, подібні послідовності містять подібні властивості. У біоінформатиці подібність є інструментом для оцінки подоби між двома білками.

Малюнок 01: Схожість у вирівнюванні послідовності

Є два основні кроки до процесу вирівнювання послідовностей. Початковим кроком є ​​парне вирівнювання, яке допомагає знайти оптимальне вирівнювання між двома послідовностями (включаючи прогалини) за допомогою таких алгоритмів, як BLAST, FastA та LALIGN. Алгоритм відповідності знаходить мінімальну кількість операцій редагування; in-dels та заміни, щоб вирівняти одну послідовність до іншої послідовності. Після парного вирівнювання необхідно отримати два кількісні параметри з кожного парного порівняння. Вони є тотожністю та подібністю.

Що таке ідентичність?

Ідентичність у вирівнюванні послідовностей - це кількість символів, які точно відповідають двом різним послідовностям. Отже, прогалини не враховуються при оцінці особи. Вимірювання вважається відносним до коротшої послідовності серед двох послідовностей. Це суттєво означає, що він має ефект, коли ідентичність послідовності не є перехідною. Якщо X = Y і Y = Z, то X не обов'язково дорівнює Z. Це виводиться через міру відстані тотожності.

Малюнок 02: Ідентичність у вирівнюванні послідовності

Наприклад, X має послідовність AAGGCTT, Y має послідовність AAGGCT, а Z має послідовність AAGGCAT. Ідентичність між X і Y становить 100% 5 однакових нуклеотидів / хв [довжина (X), довжина (Y)]. Ідентичність між Y і Z також становить 100%. Але тотожність між X і Z становить лише 85% (6 однакових нуклеотидів / 7).

Які подібності між подібністю та тотожністю у вирівнюванні послідовності?

• І схожість, і ідентичність - це два терміни, які ми використовуємо при вирівнюванні послідовностей.
• Також вони посилаються на схожість між двома послідовностями.
• Більше того, ми виражаємо їх у відсотковому значенні.

Яка різниця між подібністю та тотожністю у вирівнюванні послідовності?

Схожість у вирівнюванні говорить про схожість між двома послідовностями при порівнянні, тоді як ідентичність у вирівнюванні послідовностей вказує кількість символів, які точно відповідають двом різним послідовностям. Отже, це ключова відмінність між подібністю та ідентичністю в послідовності вирівнювання.

Підсумок - подібність та тотожність у вирівнюванні послідовності

Вирівнювання послідовності допомагає ідентифікувати ділянки подібності в ДНК, РНК або білку, отримані внаслідок функціонального, структурного або еволюційного зв’язку між послідовностями. Отже, подібність та ідентичність - це два ключові терміни в контексті вирівнювання послідовностей. Ключова відмінність цих двох термінів полягає в тому, що схожість - це схожість між двома послідовностями в порівнянні, тоді як ідентичність - це кількість символів, які точно збігаються між двома різними послідовностями. Таким чином, це підсумок різниці між подібністю та ідентичністю у вирівнюванні послідовностей.

Довідка:

1. "Ідентичність та подібність - кількісний захід". Ідентичність та подібність - кількісний захід, доступний тут.
2. "Вирівнювання послідовності". Вирівнювання послідовності - Bioinformatics.Org Wiki, доступний тут.

Надано зображення:

1. «Філогенія на основі вирівнювання та вирівнювання» Колекар Пандуранг - Власна робота (CC BY 3.0) через Wikimedia Commons
2. «Вихідний зразок BLAST» від Фдарделя - Власна робота (CC BY-SA 3.0) через Wikimedia Commons