Розмір прокаріотичних клітин зазвичай становить 0,2-2,0 мікрометра в діаметрі, тоді як еукаріотична клітина має діаметр 10-100 мікрометрів..
Еукаріоти називають "справжнім ядром", оскільки воно містить пов'язані з мембраною ядра і складається з інших органел, таких як лізосоми, комплекс Гольджі, ендоплазматичний ретикулум, мітохондрії та хлоропласти, в той час як у прокаріотів немає ядерної мембрани чи інших мембран, укладених органел.
У прокаріотів джгутик складається з двох білкових будівельних блоків; і клітинна стінка є хімічно складною і складається з пептидоглікану (єдиного великого полімеру амінокислот і цукру), у той час як джгутик еукаріотів складніший з кількома мікротрубочками, а при наявності клітинних стінок вони хімічно прості.
У прокаріотів поділ клітин відбувається за допомогою бінарного поділу і не відбувається мейозу, а відбувається лише передача фрагментів ДНК шляхом кон'югації. Поділ клітин у еукаріотів відбувається через мітоз, а статеве розмноження відбувається через мейоз.
У еукаріотів плазматична мембрана складається з стеролів та вуглеводів. Цитоплазма складається з цитоскелетів і цитоплазматична течія присутня. Рибосоми мають великі розміри (80S) і менші (70S), а хромосоми множинні та лінійно розташовані з гістонами. ДНК еукаріотів набагато складніший, ніж ДНК прокаріотів.
У прокаріотів плазматична мембрана не містить вуглеводів або стеролів. Цитоплазма не має цитоскетону чи цитоплазматичного потоку. Рибосоми мають менші розміри (70S) і мають одну кругову хромосому, яка не складається з гістонів.