Різниця між Бензоназою та ДНКазою

Ключова різниця - Бензоназа проти DNase
 

Деградація нуклеїнових кислот важлива для багатьох методів молекулярної біології. Він широко використовується в рекомбінантній ДНК-технології для позбавлення від небажаних фрагментів ДНК та РНК. Ферменти, що руйнують нуклеїнову кислоту, називаються нуклеазами, і вони можуть бути різних типів на основі необхідної функції. Нуклеази, що деградують ДНК, відомі як ДНКази, тоді як ті, що деградують РНК, - це відомі РНКази. Ці ферменти в основному використовуються в в пробірці експерименти де в vitro молекулярні тести проводять для виділення чистої ДНК, РНК або білків. Бензонази - це тип нуклеаз, які деградують і ДНК, і РНК, тоді як ДНКази деградують лише ДНК. Це ключова відмінність між Бензоназою та ДНКазою.

ЗМІСТ

1. Огляд та ключові відмінності
2. Що таке Бензоназа
3. Що таке ДНКаза
4. Подібність між Бензоназою та ДНКазою
5. Порівняльне порівняння - Бензоназа проти ДНКази в табличній формі
6. Підсумок

Що таке Бензоназа?

Бензоназа - це генетично сконструйована ендонуклеаза Serratia marcescens. Цей фермент виробляється в Кишкова паличка господарі в промислових масштабах. Бензоназа здатна розщеплювати дволанцюжкову ДНК, лінійну ДНК, кругову ДНК і одноланцюгову РНК. Таким чином, Бензоназа є комерційно важливою. Фермент Бензоназа є білковим димером, який має 245 однакових амінокислот, ~ 30 кДа субодиниць з двома основними дисульфідними зв’язками. Бензоназа розщеплює нуклеїнові кислоти на своєму 5-кінцевому кінці і утворює фрагменти з вільними 5'-кінцями. Бензоназа може розщеплювати нуклеїнові кислоти в будь-якій послідовності, але віддає перевагу областям, багатим ГК.

Бензоназа зберігається при температурі -20 ⁰C. Оптимальний показник pH для активності ферменту становить 8,0 - 9,2. Застосування Бензонази включають підготовку зразків для електрофорезу білка в 2D гелі, де Бензоназа видаляє пов'язані нуклеїнові кислоти та видалення забруднювачів нуклеїнової кислоти з рекомбінантних білкових препаратів. Він також використовується для зменшення в'язкості білкових екстрактів і запобігання скупчення клітин у клітинній суміші.

Що таке DNase?

ДНКаза - це нуклеазний гідролітичний фермент, який здатний розщеплювати лише дволанцюжкову ДНК. Існує два основних типи ДНКаз: ДНКаза I та ДНКаза II. DNase I бере участь у розщепленні дволанцюжкової ДНК для отримання полінуклеотидів з 5 'вільними кінцями. DNase II бере участь у розщепленні дволанцюжкової ДНК для отримання полінуклеотидних ланцюгів з 3 'вільними кінцями або нависаннями.

DNase I

DNase I функціонує при оптимальному рН між 7,0 - 8,0. Активність ферменту залежить від багатьох іонних кофакторів, до складу яких входить, Са²⁺, Mg²⁺ або Mn²⁺. Діяльність Mg²⁺ і Mn²⁺ визначає функцію ДНКази I. У присутності Mg²⁺, DNase I розщеплює кожну нитку dsDNA незалежно. Це відбувається випадковим чином. Навпаки, у присутності Mn^2+, фермент розщеплює обидві ланцюги ДНК приблизно в одному місці. Це розщеплення призведе до отримання двох типів фрагментів ДНК; один тип з тупими кінцями та інший тип з одним або двома нуклеотидними нависаннями.

Малюнок 02: ДНКаза

ДНКаза II

Функціонування DNase II при оптимальному рН 4,5-5,0, а для його активності потрібні двовалентні іони металів, подібно до ДНКази I. Механізм ДНази II складається з трьох основних етапів.

1. В межах хребта ДНК індукується кілька одиночних розривів ланцюга.
2. Утворюються кислоторозчинні нуклеотиди та олігонуклеотиди.
3. Нелінійний гіперхромний зсув відбувається в останній фазі.

До основних інгібіторів ферменту ДНКази належать хелатори металів, перехідні метали та хімічні речовини, такі як додецилсульфат натрію та β - меркаптоетанол.

Основні сфери застосування ДНКази включають підготовку РНК-екстрактів, що не містять ДНК, та білкові екстракти, та видалення ДНК-шаблону під час експериментів з транскрипцією in vitro..

Які подібності між Бензоназою та ДНКазою?

• Обидва є гідролітичними ферментами.
• Обидва є нуклеозами.
• Обидва беруть участь, розщеплюючи фосфодіефірні зв’язки нуклеїнових кислот.
• Для підтримки активності ферменту обидва вимагають оптимального рН і температури зберігання.
• Інгібітори ферментів включають хелатуючі речовини, перехідні метали та миючі хімікати.
• Застосування в основному зосереджено на отриманні екстрактів високої чистоти ДНК, РНК та білків.
• Обидва ферменти можуть вироблятися за допомогою генної інженерії.

Яка різниця між бензоназою та DNase?

Бензонаса проти DNase
Бензоназа - це фермент, який здатний розщеплювати дволанцюжкову ДНК, лінійну ДНК, циркулярну ДНК та РНК.	ДНКаза - фермент, який здатний розщеплювати дволанцюжкову ДНК.
Субстрат для ферменту
І ДНК, і РНК є субстратами для бензонази.	ДНК є субстратом для ДНКази.
Будова
Оптимальний діапазон рН Бензонази становить 7,0 -8,0	Оптимальний діапазон pH ДНКази I становить 7,0 - 8,0, а ДНКази II 4,5 - 5,0.

Підсумок - Бензоназа проти ДНКази

Нуклеазні ферменти широко застосовуються в різних експериментальних процедурах щодо молекулярної біології та генної інженерії. Бензоназа та ДНКаза - це два типи нуклеаз. Бензоназа бере участь у деградації як ДНК, так і РНК, тоді як ДНКаза бере участь у розщепленні дволанцюжкової ДНК. Це основна різниця між бензоназою та ДНКазою. В даний час обидва ці нуклеазні типи виробляються за допомогою технології рекомбінантної ДНК, яка дає ферменти вищої якості, оптимізовані для максимального виробництва.

Завантажити PDF-версію Benzonase проти DNase

Ви можете завантажити PDF-версію цієї статті та використовувати її в офлайн-цілях відповідно до примітки. Завантажте PDF-версію тут Різниця між Бензоназою та DNase

Список літератури:

1. "Дезоксирибонуклеаза I від великої рогатої худоби підшлункової залози D5025." Зігма-Олдріч, доступний тут. Доступ 19 вересня 2017 року.
2. "Дезоксирибонуклеаза II." Деоксирибонуклеаза II - Посібник з ферментів Уортінгтона, доступний тут. Доступ 19 вересня 2017 року.

Надано зображення:

1. "Гіперчутливий сайт ДНК" Ван Й-М, Чжоу Р, Ванг L-Y, Лі Z-H, Чжан Y-N та ін. - Ван Y-M, Чжоу Р, Ван L-Y, Лі Z-H, Чжан Y-N та ін. (2012) Кореляція між розподілом гіперчутливих ділянок DNase I та експресією генів у клітинах HeLa S3. PLOS ONE 7 (8): e42414. doi: 10.1371 / journal.pone.0042414 (CC BY-SA 2.5) через Wikimedia Commons