Різниця між послідовністю Exome та РНК

Ключова різниця - послідовність Exome проти РНК
 

Секвенування нуклеїнової кислоти - це техніка, яка визначає порядок нуклеотидів у певному фрагменті ДНК або РНК організму. Послідовність важлива при виявленні складу ДНК та РНК клітини та розрізненні певних генів, кодуючих функціональні білки; таким чином, секвенування можна використовувати для розуміння мутацій цих генів та експресії генів. Метод послідовного секверування або більш досконалі методи послідовності наступного покоління - це методи секвенування, які зазвичай використовуються. Ексомне секвенування - це секвенування повного набору екзонів або кодуючих ділянок ДНК, присутніх в організмі, тоді як секвенування РНК є процедурою секвенування рибонуклеїнових кислот (РНК). У цьому полягає ключова відмінність послідовності exome та РНК.

ЗМІСТ

1. Огляд та ключові відмінності
2. Що таке послідовне життя
3. Що таке послідовність РНК
4. Подібність між послідовністю Exome та РНК
5. Порівняльне порівняння - послідовність Exome vs RNA у табличній формі
6. Підсумок

Що таке послідовне життя?

Ексом - це підмножина геному, що складається з кодуючих генів певного організму. Кодуючі гени називаються екзонами і транскрибуються в мРНК, а потім переводяться в амінокислотні послідовності. Під час пост транскрипційних модифікацій механізм сплайсингу РНК у еукаріотів видаляє інтрони (не кодуючі області), і екзони залишаються. Є дві основні методи, в яких виконується послідовність exome: рішення на основі рішення та на основі масиву.

У послідовності екзоме на основі розчину зразки ДНК фрагментуються за допомогою рестрикційних ферментів або механічним методом і денатуруються теплом. У цій техніці використовуються біотинільовані олігонуклеотидні зонди (приманки) для вибіркової гібридизації з цільовими областями геному. Для етапу зв'язування використовуються магнітні стрептавідинові кульки. Зв'язування супроводжується етапом промивання, де змиті та нецільові послідовності змиваються. Потім пов'язані мішені ампліфікують за допомогою ланцюгової реакції полімерази (ПЛР), а потім секвенують за допомогою методів Сангер-секвенування або методів послідовного наступного покоління..

Малюнок 01: Послідовність результатів

Метод на основі масиву також схожий з методом на основі розчину, за винятком того, що фрагменти ДНК захоплюються в мікромасив, а потім послідують етапи зв'язування та промивання, перш ніж їх секвенувати.

Екзоменологічне секвенування застосовується у багатьох сферах застосування, таких як генетична діагностика захворювань, у генній терапії, у виявленні нових генетичних маркерів, у сільському господарстві для виявлення різних корисних агрономічних ознак та у процедурах розведення рослин.

Що таке послідовність РНК?

Послідовність РНК заснована на стенограмі, що є повною стенограмою клітини. Основними цілями послідовності РНК є каталогізація всіх видів транскрипту, включаючи мРНК, некодуючу РНК та малу РНК, для визначення структури транскрипції генів та кількісного визначення рівнів експресії кожного транскрипту під час розвитку. Під час секвенування РНК спочатку для секвенування використовували технології гібридизації (які були комплементарною ДНК, отриманими зі зрілих послідовностей мРНК). В даний час для секвенування РНК застосовується більш точна і вдосконалена методика проходження.

Малюнок 02: Послідовність РНК

У секвенуванні РНК зразок РНК, який може бути загальною РНК або фракціонованою РНК, перетворюється на її комплементарну ДНК (кДНК) за допомогою зворотної транскрипції, і готується бібліотека кДНК. Кожен фрагмент кДНК приєднаний до адаптерів з обох сторін (парне кінцеве секвенування) або на одній стороні (одиночне закінчення послідовності). Ці марковані послідовності секвенуються за допомогою секвенування Сангера або наступного покоління, як послідовності exome.

Які подібності між послідовністю Exome та РНК?

• Короткі відібрані фрагменти або весь набір ДНК / РНК можуть бути використані для послідовності Exome або РНК.
• Послідовні фрагменти зберігаються в бібліотеках.
• Може використовуватися небезпечне секвенування або послідовності наступного покоління.
• Обидва є методами секвенування in vitro.
• Послідовні фрагменти можна визначити за допомогою флуоресцентних тегів.

Яка різниця між послідовністю Exome та РНК?

Exome vs RNA Sequisting
Ексомне секвенування - це секвенування повного набору екзонів або кодуючих ділянок ДНК, присутніх в організмі.	РНК-секвенування відноситься до процедури секвенування рибонуклеїнових кислот (РНК); стенограму.
Початок вибірки
Геномна ДНК є вихідним зразком послідовності ексом.	РНК є вихідним зразком послідовності РНК.
Склад
Він містить лише кодуючі області загальної ДНК, відомі як Екзони	Це містить РНК-мРНК / транскрипт.
Послідовність
Існує два основні методи послідовності ексом; технології, засновані на рішеннях та масиві.	Секвенування РНК проводиться за допомогою підготовки бібліотеки кДНК шляхом вилучення загальної РНК або фрагментованої РНК.

Підсумок - Послідовність послідовності Exome vs RNA

Exome - це повний набір кодуючих областей організму, і методи, що беруть участь у визначенні точного нуклеотидного порядку Exome, відомі як послідовності exome. Секвенування РНК - це техніка, яка бере участь у визначенні нуклеотидного порядку РНК організму. Це різниця між послідовністю ексом та РНК.

Завантажити PDF-версію послідовності Exome vs RNA

Ви можете завантажити PDF-версію цієї статті та використовувати її в офлайн-цілях відповідно до примітки. Завантажте PDF-версію тут Різниця між послідовністю Exome та РНК

Список літератури:

1. Ванг, Чжун та ін. "RNA-Seq: революційний інструмент для транскриптоміки". Огляди природи. Генетика, США, Національна бібліотека медицини, січень 2009 р., Доступна тут. Доступ 3 вересня 2017 року.
2.Warr, Amanda та ін. "Послідовність справ: поточна та майбутня перспективи". G3: Гени | Геноми | Генетика, Генетичне товариство Америки, серпень 2015 р., Доступне тут. Доступ 3 вересня 2017 року.

Надано зображення:

1. "Пересічний робочий процес 1a" Малачі Гріффіт, Джейсон Р. Уолкер, Нікольс Шпієн, Бенджамін Дж. Айнскоф, Оби Л. Гріффіт - (CC BY 2.5) через Commons Wikimedia
2. “Journal.pcbi.1004393.g002” автор SarahKusala - власна робота (CC BY 3.0) через Commons Wikimedia