Різниця між ПЛР-праймерами і секвенуючими праймерами
Share
Ключова різниця - ПЛР-праймери проти Послідовність Грунтовки
З недавніми розробками в галузі молекулярної біології були розроблені різні генетичні методи, які зробили процеси дослідження різних напрямків випробуваного легкими та точними. ПЛР та інші процедури секвенування - дві важливі такі методи. Вони використовують різні підкомпоненти. Праймери розглядаються як основний підкомпонент, спільний як для ПЛР, так і для методів секвенування. ПЛР-праймери використовуються для ампліфікації певної послідовності ДНК в той час як sприрівнювальні праймери використовуються в контексті секвенування фрагмента ДНК з метою виявлення його специфічного порядку нуклеотидної послідовності. Це ключова різниця між ПЛР-праймерами і послідовностями праймерів.
ЗМІСТ
1. Огляд та ключові відмінності
2. Що таке ПЛР-праймери
3. Що таке секвенувальні праймери
4. Подібність між ПЛР-праймерами і секвенуючими праймерами
5. Порівняльне порівняння - ПЛР-праймери проти послідовних праймерів у табличній формі
6. Підсумок
Що таке ПЛР-праймери?
Полімеразна ланцюгова реакція (ПЛР) - це генетична техніка, яка використовується в галузі молекулярної біології з метою ампліфікації однієї або кількох копій певного сегмента ДНК та отримання багатьох мільйонів однакових копій. У реакції ПЛР використовуються різні компоненти, включаючи праймери. Праймери - це короткі ланцюги ДНК з довжиною нуклеотидів 18-25, що робить їх сумісними з початковою та кінцевою областю фрагментів ДНК, що підлягають ампліфікації. Грунтовки можуть бути передньою грунтовкою та зворотною ґрунтовкою. Ці праймери зв'язуються з фрагментом ДНК у конкретних точках, де змушує ДНК-полімераза зв'язуватися зі специфічним праймером у місці розташування та ініціювати синтез нового ланцюга ДНК..
Вибір праймерів є важливим аспектом процесу ПЛР. Підбір довжини ґрунтовки важливий. Ідеальна довжина становила б 18-25 нуклеотидів. Якщо довжина занадто коротка або занадто довга, праймери не будуть прив'язуватися до послідовності ДНК, яка буде точно ампліфікована. Праймери, які мають занадто коротку довжину, призводять до неспецифічного відпалу праймера в різних місцях послідовності ДНК.
Фігура 01: ПЛР-праймери
Вміст гуаніну та цитозину (GC) у доброму ґрунтовці повинен знаходитись у межах 40-60. Температура відпалу праймера і температура плавлення є життєво важливими факторами під час ПЛР. Температуру плавлення слід обчислювати точно, а температуру відпалу грунтовки - 5 0C менше температури плавлення. Температура плавлення повинна становити 60 ° C і 75 ° C. Занадто висока або занадто низька температура призведе до менш активної активності ДНК-полімерази.
Що таке секвенувальні праймери?
Послідовні праймери використовуються в контексті секвенування фрагмента ДНК з метою виявлення його конкретної ідентичності. Для отримання хороших результатів послідовності важливі високоякісні праймери та шаблони. Таким чином, коли відбираються праймери, вони повинні бути унікальними для певного регіону, де ми хочемо послідовно виконувати послідовність. Він також повинен мати правильну орієнтацію, коли послідовності зазвичай генеруються від 3 'до 5' кінців праймерів. У такій послідовності не повинно бути небажаної самогібридизації, наприклад утворення петель шпильки. Він не повинен містити послідовного формування баз Гуаніна.
Температура плавлення (Тм) праймера повинна відповідати умовам секвенування. Тому він повинен лежати між 52оС і 74оC. Приготування олігонуклеотидів, які будуть використовуватися в якості праймера, слід очистити, щоб отримати бажану повноцінну послідовність. Якщо олігонуклеотиди містять домішки, сигналізація послідовності праймерів буде накладена з різних сайтів грунтовки, а також зменшиться кількість базових клітин.
Малюнок 02: Послідовність праймерів
Температура плавлення праймера (Tm) олігонуклеотиду визначає, наскільки сильні гібридизовані між собою комплементарні нитки ДНК. Тм можна розглядати як термодинамічний розрахунок, коли він залежить як від послідовностей ДНК, так і від кількох умов, таких як концентрація солі. Tm важливий під час проведення ПЛР, коли для отримання групи фрагментів, що закінчуються дідеоксинуклеотидом, використовується варіант, який називається послідовністю циклу. Тут грунтовка, яку секвенують, спочатку буде відпалено альтернативно, потім подовжується та остаточно денатурована для ампліфікації. Тому значення Tm повинно бути між 52оС і 74о C. Синтезовані олігонуклеотиди можуть бути отримані з лабораторій синтезу ДНК / РНК за вибором. Невеликий масштаб синтезу, який використовується для секвенування ДНК, зазвичай становить 50 нмоль. Крім того, найважливіше, щоб ґрунтовки, які використовуються для секвенування, повинні бути очищені, щоб вони не мали домішок, що запобіжить зниження якості.
Які подібності між ПЛР-праймерами та секвенуючими праймерами?
- І ПЛР-праймери, і секвенуючі праймери є праймерами, які використовуються в процесі ампліфікації цільової послідовності ДНК.
- І ПЛР-праймери, і секвенуючі праймери складаються з нуклеотидів.
- І ПЛР-праймери, і секвенуючі праймери - це короткі олігомери.
Яка різниця між ПЛР-праймерами і секвенуючими праймерами?
ПЛР-праймери проти послідовних праймерів | |
| ПЛР-праймери - це короткі ланцюги ДНК довжиною нуклеотидної послідовності 18-25, що робить їх сумісними з початковою та кінцевою областю фрагментів ДНК, які підлягають ампліфікації. | Послідовні праймери - це короткі олігомери, які використовуються в контексті секвенування фрагмента ДНК з метою виявлення його специфічної ідентичності. |
| Функція | |
| ПЛР-праймери використовуються для ампліфікації певної послідовності ДНК. | Послідовні праймери використовуються в контексті секвенування фрагмента ДНК з метою виявлення його конкретної ідентичності. |
| Кількість необхідних праймерів | |
| Два праймери; один передній праймер і один зворотний праймер використовуються як ПЛР-праймери. | Потрібна лише одна грунтовка як послідовний праймер. |
Підсумок - ПЛР-праймери проти Послідовність Грунтовки
Послідовні праймери використовуються в контексті секвенування фрагмента ДНК з метою виявлення його конкретної ідентичності. Одного послідовного грунтовки буде достатньо для запуску процесу. Для отримання хороших результатів послідовності важливі високоякісні праймери та шаблони. Таким чином, коли відбираються праймери, вони повинні бути унікальними для певного регіону, де ми хочемо послідовно виконувати послідовність. ПЛР-праймери - це короткі нитки ДНК з довжиною нуклеотидів 18-25, сумісні з початковою та кінцевою областю фрагментів ДНК, які підлягають ампліфікації. ПЛР-праймери можуть бути прямим праймером і зворотним праймером. Вміст гуаніну та цитозину (GC) у доброму ґрунтовці повинен знаходитись у межах 40-60. Температура відпалу праймера і температура плавлення є життєво важливими аспектами під час проведення ПЛР. Це різниця між ПЛР-праймерами та послідовними праймерами.
Довідка:
1. "Полімеразна ланцюгова реакція (ПЛР)." Академія хана. Доступний тут
2. «Послідовність грунтовки та дизайн ґрунтовки». Послідовність грунтовки та дизайн грунтовки | Послуги ДНК університету | Університет Калгарі. Доступний тут
Надано зображення:
1.'Primers RevComp'By Zephyris - Власна робота, (CC BY-SA 3.0) через Wikimedia Commons
2. 'Методи маркування ДНК Sequencin 3' від Абізара (оригінальний завантажувач) в Англійській Вікіпедії - Передано Gustavocarra., (Public Domain) через Commons Wikimedia
