Різниця між зондом і праймером

Ключова різниця - зонд проти грунтовки
 

Молекулярний зонд - це невеликий фрагмент ДНК або РНК, який розпізнає комплементарні послідовності в ДНК або РНК і дозволяє ідентифікувати цільову послідовність. Праймер - це невелика ділянка ДНК або РНК, яка служить вихідною точкою для синтезу ДНК. Праймери і зонди гібридизуються з комплементарними нуклеотидами шаблонної ДНК або цільової ДНК. Однак ключова відмінність між зондом і грунтовкою полягає в тому, що праймери необхідні для реплікації ДНК, тоді як зонди необхідні для виявлення специфічних послідовностей у ДНК зразка.

ЗМІСТ
1. Огляд та ключові відмінності
2. Що таке зонд
3. Що таке Буквар
4. Побічне порівняння - зонд проти грунтовки
5. Підсумок

Що таке зонд?

Зонд - це невеликий фрагмент ДНК або РНК, який використовується для виявлення цільової ДНК або РНК у зразку методом молекулярної гібридизації. Вони також відомі як молекулярні маркери. Довжина зонда може змінюватись (від 100 до 1000 підстав), а нуклеотиди зонда є комплементарними до частини цільової послідовності. Для зручності виявлення зонди мітять радіоактивними ізотопами або флуоресцентними барвниками або антитілами. Зонди зв'язуються з комплементарними основами цільової послідовності і виявляють наявність цільової ДНК або РНК у зразку. Існує два основні методи маркування зондів: закінчення маркування та переклад нік. Зонди класифікуються на різні типи, включаючи ДНК-зонди, РНК-зонди, зонди cDNa та синтетичні олігонуклеотидні зонди, і вони готуються з використанням різних методик.

Зонди є важливим інструментом у багатьох мікробних та молекулярних областях, таких як вірусологія, криміналістична патологія, тестування батьківства, дактилоскопія ДНК, виявлення генетичних захворювань, RFLP, молекулярна цитогенетика, на місці гібридизація тощо.

Малюнок 01: Флуоресцентно-мічений зонд, який використовується в FISH для виявлення патогенів

Що таке Буквар?

Праймер - це короткий фрагмент ДНК або РНК, який служить ініціатором синтезу ДНК. Фермент ДНК-полімерази додає нуклеотиди до 3 'ОН-групи послідовностей праймерів і синтезує нову ланцюг, комплементарну ДНК-матриці. Праймери - це дуже короткі фрагменти довжиною від 18 до 20 нуклеотидів. Вони хімічно синтезуються в лабораторії для в пробірці Ампліфікація ДНК (ПЛР). Праймери можуть мати будь-яку послідовність нуклеотидів, оскільки вони розроблені користувачем. Вони синтезовані так, щоб відповідати комплементарним основам ДНК-шаблону. Тому він може мати будь-яку послідовність нуклеотидів. Праймери мають надзвичайно важливе значення для реплікації ДНК, оскільки ДНК-полімераза не може синтезувати нову ДНК без наявного фрагмента ДНК. При розробці праймерів для ПЛР необхідно враховувати наступні речі:

• Праймери повинні містити комплементарні нуклеотиди до бокового кінця ДНК, який хоче ампліфікувати.
• Грунтовки повинні мати температуру плавлення між 55 - 65 ⁰С
• Вміст G і C повинен бути від 50 до 60%.

У ПЛР два праймери використовуються як прямий, так і зворотний для реплікації обох ланцюгів ДНК зразка. Праймери зазвичай використовують для проведення ПЛР та секвенування ДНК.

Малюнок 02: Праймер відпалу в ПЛР

Яка різниця між зондом і праймером?

Зонд проти грунтовки
Зонд - це невеликий фрагмент ДНК / РНК, який використовується для виявлення присутності цільової послідовності у зразку методом молекулярної гібридизації.	Праймер - це невелика ділянка ДНК або РНК, яка служить вихідною точкою для реплікації ДНК.
Функція
Це виявляє наявність певної послідовності у зразку ДНК або РНК.	Це виступає вихідною точкою синтезу ДНК.
Довжина
Довжина може бути в межах 100 - 1000 основ	Довжина, як правило, близько 18 - 20 основ
Пов’язування з додатковою послідовністю
Зонд гібридизується з комплементарними базами цільової послідовності	Праймер відпалює з комплементарними основами ланцюгів ДНК.
Маркування
Зонди маркуються для зручності виявлення	Праймери, як правило, не маркуються
Використання в ПЛР
Зонди в ПЛР не використовуються	Праймери використовуються при ПЛР

Підсумок - Зонд проти Праймера

Зонд - це невеликий фрагмент послідовності ДНК або РНК, який можна гібридизувати з додатковими нуклеотидами для виявлення цільової послідовності у зразку. Зонди мітять радіоактивно, імунологічно або флуоресцентно, щоб побачити наявність цільової послідовності. Праймер - це дуже маленький фрагмент ДНК або РНК, який виступає вихідною точкою в пробірці Ампліфікація ДНК. ДНК-полімераза ідентифікує праймер 3 'OH групи та ініціює побудову нової ланцюга, доповнення до шаблону. Зонди та праймери працюють аналогічно шляхом гібридизації з комплементарними нуклеотидами. Таким чином, ключовою відмінністю між зондом і грунтовкою є їх основна функція.

Довідка:
1. "Буквар (молекулярна біологія)." Вікіпедія. Фонд Вікімедіа, 02 лютого 2017. Веб. 01 березня 2017 року.
2. "Зонд гібридизації". Вікіпедія. Фонд Вікімедіа, 30 грудня 2016. Веб. 01 березня 2017 року
3. ”Буквар (молекулярна біологія).” Буквар (молекулярна біологія) - ScienceDirect Topics. Н.п., н.д. Веб. 01 березня 2017 року

Надано зображення:
1. "РИБИ для виявлення бактеріального збудника" Pepetps Togopic Іван Акіра Магнус Манське Тимофі В. Форд - (CC BY-SA 3.0) через Commons Wikimedia
2. "Праймери RevComp Melted2" Річарда Уілера (Zephyris) - Власна робота (CC BY-SA 3.0) через Commons Wikimedia