Різниця між випадковими праймерами та Oligo dT

The ключова різниця між випадковими праймерами і оліго dT це те випадковий праймер являє собою суміш всіх можливих гексамерних олігонуклеотидних послідовностей, тоді як оліго dT праймер складається з одноланцюгової розтяжки 12-18 дезокситимідинів.

Зворотна транскрипція - це механізм, за допомогою якого кДНК може бути синтезована за допомогою мРНК або будь-якого виду РНК. Для отримання кДНК слід надати фермент зворотної транскриптази та інші необхідні компоненти, особливо шаблон і праймери. Праймери - це короткі послідовності ДНК, спеціально розроблені для ампліфікації цільових послідовностей. Випадкові праймери та оліго dT праймери - це два поширених типу праймерів, які використовуються при зворотній транскрипції. Отже, випадковий праймер або оліго dT праймер - це короткі ДНК олігонуклеотидні послідовності, необхідні для зворотної транскриптази для ініціації зворотної транскрипції. Залежно від шаблону РНК, відповідний праймер може бути обраний з цих двох типів праймерів.

ЗМІСТ

1. Огляд та ключові відмінності
2. Що таке випадкові праймери 
3. Що таке Оліго dT
4. Подібність між випадковими праймерами та Oligo dT
5. Порівняльне порівняння - Випадкові праймери проти Оліго dT у табличній формі
6. Підсумок

Що таке випадкові праймери?

Випадковий праймер - це суміш олігонуклеотидів, що представляють усі можливі гексамерні послідовності. Послідовність праймерів випадкового праймера становить 5 '- d (NNNNNN) -3' N = G, A, T або C. Тому випадкові праймери можуть використовуватися для ампліфікації одноланцюгової ДНК або РНК за допомогою ДНК-полімерази або зворотної транскриптази, відповідно. Крім того, випадкова праймерна суміш здатна ампліфікувати всі області РНК для генерації кДНК. Таким чином, він виробляє кДНК різної довжини.

Малюнок 01: Випадкові праймери

Найголовніше, що випадкова суміш грунтовки не демонструє специфічності шаблону. Він не здатний розрізнити мРНК та інші види РНК. І він відпалює будь-які види РНК у зразку. Однак випадкова праймерна суміш підходить для зворотної транскрипції РНК без хвостів полі (А), таких як рРНК, тРНК, некодуючі РНК, малі РНК, мРНК прокаріотів тощо, деградована РНК та РНК з відомими вторинними структурами.

Що таке Oligo dT?

Грунтовка Oligo dT - це розтягнення 12 - 18 дезокситиміну (dT). Послідовність праймера може бути представлена ​​у вигляді 5'-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT) -3. Він використовується для отримання кДНК з мРНК, що містить полі (А) хвіст. В основному, він діє як праймер для реакції, катализируемой зворотною транскриптазою. Під час зворотної транскрипції оліго dT праймер віджигає з поліаденільованим хвостом, знайденим на 3 'кінці більшості еукаріотичних мРНК, і запускає процес.

Малюнок 02: Зворотна транскрипція з використанням праймера Oligo dT

На відміну від випадкового праймера, праймер оліго dT не підходить для деградованої РНК або РНК, у яких відсутні хвостики полі (А), включаючи прокаріотичну РНК та мікроРНК.

Які подібності між випадковими праймерами та Oligo dT?

• Випадковий праймер і праймер оліго dT - це два типи праймерів, які використовуються при зворотному транскрипції та виробленні кДНК.
• Використання довільного праймера та оліго dT праймера разом підвищує чутливість синтезу кДНК.
• Вони являють собою одноланцюгові короткі нуклеотидні послідовності.

Яка різниця між випадковими праймерами та Oligo dT?

Випадковий праймер - це коротка олігонуклеотидна послідовність, що складається з випадкової послідовності. Тим часом, оліго dT праймер - це коротка нитка, що складається з 12-18 дезокситимідинів. Отже, це ключова різниця між випадковими праймерами та оліго dT. Послідовність випадкового праймера становить 5 '- d (NNNNNN) -3' N = G, A, T або C. Тоді як послідовність оліго dT праймера дорівнює 5'-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT) -3 ' . Тому ми можемо розглядати це як ще одну різницю між випадковими праймерами та оліго dT.

Крім того, випадкові праймери не демонструють специфічності шаблону, і вони відпалюють будь-який вид РНК, тоді як оліго dT праймери демонструють специфічність для полі (А) хвостів еукаріотичної мРНК.

Наведена нижче інфографіка підсумовує різницю між випадковими праймерами та оліго dT.

Підсумок - Випадкові праймери проти Oligo dT

Випадковий праймер і праймер оліго dT - це два типи праймерів, які використовуються в синтезі кДНК. Випадковий праймер складається з суміші олігонуклеотидів, що представляють усі можливі гексамерні послідовності, тоді як оліго dT праймер є одноланцюговою послідовністю від 12 до 18 дезокситимідинів. Отже, це ключова різниця між випадковими праймерами та оліго dT. Крім того, праймери оліго dT корисні для повномасштабної зворотної транскрипції РНК з полі (A) хвостом, тоді як випадкові праймери корисні для зворотної транскрипції більшості видів РНК, включаючи деградовану РНК, РНК, у яких відсутні хвости полі (А) та РНК, що містять вторинні структури. Тому випадковий праймер не демонструє специфічності шаблону, тоді як оліго dT праймер демонструє специфічність щодо еукаріотичної мРНК, що містить полі (А) хвіст.

Довідка:

1. «Настройка зворотної транскрипції: Thermo Fisher Scientific - США». Налаштування зворотної транскрипції | Thermo Fisher Scientific - США, доступний тут.

Надано зображення:

1. “Праймери RevComp” Zephyris - Власна робота (CC BY-SA 3.0) через Wikimedia Commons
2. "Модель RT PCR" Локештіммана - власна робота (CC BY-SA 4.0) через Wikimedia Commons