Різниця між секціонуванням рушниці та послідовністю наступного покоління

The ключова різниця між секвенуванням рушниці та послідовністю наступного покоління, це те секвенування дробовика - це метод секвенування, який випадковим чином розбиває послідовності ДНК на безліч дрібних фрагментів і повторно збирає послідовність, спостерігаючи ділянки, що перекриваються, тоді як наступне покоління наступного покоління (NGS) - це вдосконалений метод генетичного секвенування, який залежить від капілярного електрофорезу.

Послідовність - це процес, який визначає точний порядок нуклеотидів у гені, скупчення генів, хромосоми та повного геному. Дуже важливо в геномних дослідженнях, судово-медичних дослідженнях, вірусології, біологічній систематизації, медичній діагностиці, біотехнології та в багатьох інших галузях проаналізувати будову та функції генів та ідентифікацію організмів. Крім того, існують різні види послідовних методів. Секвенціювання дробовика та секвестування наступного покоління є двома передовими методами.

ЗМІСТ

1. Огляд та ключові відмінності
2. Що таке послідовне рушницю 
3. Що таке послідовність нового покоління
4. Подібність між послідовністю дробовика та послідовністю наступного покоління
5. Порівняльне порівняння - Послідовність рушниць проти наступного покоління в табличному вигляді
6. Підсумок

Що таке послідовне рушницю?

Секвенування дробовика - це метод секвенування, який випадковим чином розбиває послідовності ДНК всієї хромосоми або всього геному на безліч дрібних фрагментів і повторно збирає послідовності комп'ютерами шляхом спостереження за перекриваються послідовностями або областями. Як правило, геноми ссавців структурно складні та більші за розмірами. Отже, їх складно послідовувати шляхом клонування, оскільки це забирає багато часу. Послідовність рушниці - більш швидкий метод. Це також дешевше проводити. Тому сучасні вчені покладаються на метод секвенування рушниць для вирішення складних геномів.

Малюнок 01: Послідовність рушниць

Процедура секвенування рушниці порівняно проста. Він починається з фрагментації всього геному на різні розміри від 20-кілограмових до 300-кілограмових основ. Потім кожен фрагмент повинен бути секвенсований, використовуючи метод припинення ланцюга. Після секвенування необхідно зібрати фрагменти, переглянувши області, що перекриваються, використовуючи складне комп'ютерне програмне забезпечення. Звичайне відображення та клонування послідовностей для цього методу не є необхідним. Крім того, використання генетичної карти в цьому методі не відбувається. Однак, оскільки немає використання існуючих карт геному, помилки під час складання швидше трапляються. Це один з головних недоліків цього методу. Крім того, більш короткі фрагменти дають менш унікальну інформацію для кожного прочитаного в цьому способі. Більше того, послідовність рушниці не може надати достатньо даних для визначення послідовності консенсусу при необхідному рівні точності.

Незважаючи на вищезазначені недоліки, метод секвенування рушниці в даний час є найбільш ефективною та економічно вигідною стратегією секвенування мікробних геномів, включаючи бактерії, віруси та дріжджі. Це тому, що в їх геномах не вистачає повторюваних областей, які важко піддаються послідовності, і ці геноми легко зібрати в хромосоми без помилок.

Що таке послідовність нового покоління?

Секвеннізація нового покоління (NGS) - термін, що використовується для позначення сучасних процесів послідовності з високою пропускною здатністю. Він описує низку різних сучасних технологій послідовності, які зробили революцію в геномних дослідженнях та молекулярній біології. Ці методи включають в себе послідовність Illumina, секвенування Roche 454, послідовність іонного протона та послідовність SOLiD (секвенування шляхом виявлення лінійки Oligo). Системи NGS швидші та дешевші. Чотири основні методи секвенування ДНК використовуються в системах NGS: піросеквенціювання, секвенування шляхом синтезу, секвенування шляхом лігування та іонне напівпровідникове секвенування. Велика кількість ниток ДНК або РНК (мільйони) може паралельно секвенуватися NGS. Це дозволяє секвенувати весь геном організмів за короткий проміжок часу.

Малюнок 02: Послідовність наступного покоління

NGS має різні переваги. Це швидкісний, більш точний і економічно вигідний процес, який можна виконати з невеликим розміром вибірки. Отже, це дає змогу проаналізувати весь геном людини в одному експерименті послідовності. Крім того, NGS може бути використаний при метагеномічних дослідженнях, при виявленні змін в межах окремого геному за рахунок вставки та делеції тощо, а також при аналізі експресії генів. Більше того, NGS може одночасно аналізувати цілі стенограми з великої кількості тканин. Отже, NGS здійснила революцію в аналізі транскриптомів.

Які схожість між секвенцією дробовика та послідовністю наступного покоління?

• Секціонування дробовика та послідовності наступного покоління - це два способи секвенування геномів.
• Обидва методи - швидкі методи.
• Більше того, це економічно ефективні методи.
• Вони здатні паралельно послідувати багато фрагментів ДНК.

Яка різниця між послідовністю дробовиків та послідовністю наступного покоління?

Секціонування дробовика та наступне покоління - це дві вдосконалені методи секвенування. Метод секвенування дробовика випадковим чином розбиває послідовності ДНК всієї хромосоми або всього геному на безліч дрібних фрагментів і повторно збирає послідовності комп'ютерами шляхом спостереження за перекриваються послідовностями або областями. На противагу цьому, послідовність наступного покоління (NGS) - це термін, що відноситься до сучасних процесів послідовності з високою пропускною здатністю. Отже, це ключова відмінність послідовності рушниць від послідовності наступного покоління. Крім того, секвенування наступного покоління - це техніка, що залежить від капілярного електрофорезу, тоді як послідовність рушниць не залежить. Отже, це також різниця між послідовностями рушниці та послідовністю наступного покоління. Більше того, порівняно з послідовностями рушниць, послідовність наступного покоління є високочутливою та високоточною .

Підсумок - Послідовність рушниць проти послідовного покоління наступного покоління

Секвенування дробовика та секвенування наступного покоління - це два способи секвенування, які використовуються у послідовності геномів. Обидва методи - це швидкі та економічно ефективні методи. NGS працює за принципом послідовної послідовності мільйонів послідовностей одночасно через систему секвенування. Навпаки, для секвенування рушниці потрібне розбиття геномів на невеликі фрагменти та секвенування та повторне збирання за допомогою послідовностей, що перекриваються. Отже, це підсумовує різницю між послідовностями рушниці та послідовністю наступного покоління.

Довідка:

1. «Складні геноми: секціонування дробовиків» Новини природи, видавнича група Nature, доступна тут.
2. Бехяті, Сем та Патрік С Тарпі. "Що таке послідовність нового покоління?" Архів хвороб у дитинстві. Видання про освіту та практику, видавнича група BMJ, грудень 2013 р., Доступне тут.

Надано зображення:

1. «Послідовність цільного генома рушниць проти ієрархічного послідовності рушниць» Коммінс, Дж., Тофт, К., Фарес, М. А. - «Методи обчислювальної біології та їх застосування до порівняльної геноміки ендоцелюлярних симбіотичних бактерій комах». Біол. Процедури в Інтернеті (2009). Доступ здійснюється через SpringerImages (CC BY-SA 2.5) через Wikimedia Commons
2. "HiSeq 2000" від RE73 - Власна робота (CC BY-SA 3.0) через Wikimedia Commons