Різниця між SYBR Green та Taqman

Ключова різниця - SYBR Green проти Taqman
 

SYBR Green та Taqman - два методи, які використовуються для виявлення або перегляду ампліфікаційного процесу ПЛР у режимі реального часу. SYBR Green - це метод, заснований на інтеркаляції барвником, що фарбує нуклеїнову кислоту, тоді як Taqman - метод, заснований на зонді на гідроліз. Обидві технології розроблені для генерування флуоресценції під час ПЛР, що дозволяє ПЛР-апарату в реальному часі контролювати реакцію в режимі реального часу. Метод SYBR Green здійснюється за допомогою флуоресцентного барвника, який називається SYBR green, і виявляє ампліфікацію шляхом зв'язування барвника з отриманою дволанцюжковою ДНК. Taqman здійснюється за допомогою подвійних мічених зондів і виявляє ампліфікацію шляхом деградації зонда полімеразою Taq і вивільненням фторофору. Це ключова відмінність SYBR Green від Taqman.

ЗМІСТ
1. Огляд та ключові відмінності
2. Що таке SYBR Green
3. Що таке Тахман
4. Побічне порівняння - SYBR Green vs Taqman
5. Підсумок

Що таке SYBR Green?

SYBR Green - флуоресцентний барвник, який використовується для фарбування нуклеїнових кислот, особливо дволанцюжкової ДНК в молекулярній біології. Метод SYBR Green використовується для кількісної оцінки продуктів ПЛР під час ПЛР у реальному часі. Після того як він зв’язується з ДНК, отриманий комплекс ДНК-барвник поглинає синє світло і випромінює інтенсивне зелене світло. Це відбувається через структурну зміну, яка відбувається в молекулі барвника при зв'язуванні з дволанцюжкової ДНК. Коли ПЛР створює все більше і більше ДНК, більше молекул барвника зв'язується з ДНК, створюючи більше флуоресценції. Тому флуоресценція збільшується при накопиченні продукту ПЛР. Отже, кількість продукту ПЛР можна кількісно виміряти детектуванням флуоресценції зеленої SYBR.

Зелений барвник SYBR також може бути використаний для маркування ДНК у цитометрії та флуоресцентній мікроскопії. Бромід етидію був успішно замінений SYBR Green, оскільки бромід етидію є канцерогенним барвником з проблемами утилізації під час візуалізації ДНК в гелефофорезі.

Є переваги та недоліки методу SYBR green. Цей метод дуже чутливий, недорогий і простий у використанні. Однак, завдяки своїй здатності зв'язуватися з будь-якою дволанцюжковою ДНК, неспецифічне зв'язування може призвести до надмірного кількісного визначення продукту ПЛР..

Малюнок 01: Зелена техніка SYBR

Що таке Taqman?

Taqman - це альтернативний метод SYBR Green для моніторингу процесу ПЛР у реальному часі. Цей спосіб залежить від 5 '- 3' екзонуклеазної активності ферменту Taq полімерази для деградації зондів під час розширення нової ланцюга та вивільнення фторофору. У цьому способі використовуються подвійні мічені зонди, які ґрунтуються на гідролізі зондів. Зонди - це флуоресцентно мічені ДНК олігонуклеотиди, що мають 5-кінцеву молекулу флуоресцентної репортерної молекули (фторофор) і молекулу гасіння на 3 'кінці. Вони призначені для прив'язки до однониткового шаблону на протилежній стороні праймера. Полімераза Taq додає нуклеотиди до праймера і розширює нову ланцюг у напрямку зондів з подвійною міткою. Як тільки полімераза Taq зустрічається з зондом, екзонуклеазна дія полімерази Taq активує і погіршує зонд. Після того, як він завершить синтез нової нитки, зонд піддають повній деградації і вивільнення фторофору. Вивільнення фторофору породжує флуоресценцію. Молекула флуоресцентного гасіння ефективно гасить випромінюване світло і створює вихід для кількісного визначення продукту ПЛР. Вивільнення фторофорів та кількість продуктів ПЛР пропорційні. Отже, кількісне визначення може бути легко здійснено методом Taqman.

Малюнок 02: Метод Такмана

Метод Такмана використовується в ПЛР в реальному часі, кількісному вираженні експресії генів, виявленні генетичних поліморфізмів, кількісному визначенні делецій хромосомної ДНК, ідентифікації бактерій, верифікації мікромасивного аналізу, генотипуванні SNP тощо.

Чим відрізняється SYBR green від Taqman?

SYBR Green проти Taqman
SYBR Green заснований на барвнику, що зв'язує ДНК.	Taqman залежать від зондів гібридизації та активності 5 'до 3' екзонуклеаз полімерази Taq.
Флуоресцентні зонди
Ніяких флуоресцентних зондів не потрібно.	Зонди з подвійним маркуванням потрібні.
Мультиплексний геноаналіз
Його не можна використовувати для мультиплексних генових мішеней.	Його можна використовувати для мультиплексних генових мішеней.
Вартість
Це менш дорого.	Це дорожче.
Специфіка
Це менш специфічно і пов'язується з будь-якою ДНК з подвійною ланцюгом	Вони дуже специфічні, оскільки зонди виявляють конкретні продукти ампліфікації.
Ефективність
Це менш ефективно.	Це дуже ефективно.
Застосування
Це використовується для ПЛР у режимі реального часу, візуалізації агарозного гелю, маркування ДНК тощо.	Це використовується в ПЛР у реальному часі, кількісна оцінка експресії генів, виявлення генетичних поліморфізмів тощо.

Підсумок - SYBR Green та Taqman

Taqman і SYBR green - це два методи, які використовуються в ПЛР у реальному часі (кількісна ПЛР). Обидва методи дозволяють ефективно оцінити продукт ПЛР та покластися на викид флуоресценції. Метод Taqman використовує зонди з подвійною міткою для виявлення накопиченої ДНК, тоді як метод SYBR Green використовує флуоресцентний барвник. Обидва ці методи також мають різні застосування в молекулярній біології.

Довідка:
1. Таджадіні, Мохамад Хасан, Мойтаба Панджпур та Шагхейг Хагхуа Джаванмар. "Порівняння методів SYBR Green та TaqMan в кількісному аналізі ланцюгової реакції полімерази в реальному часі чотирьох підтипів рецепторів аденозину". Розширені біомедичні дослідження. Medknow Publications & Media Pvt Ltd, 2014. Web. 13 березня 2017 року.
2. "Основні принципи ПЛР у режимі реального часу". ПЛР у реальному часі, кількісний (qPCR), праймери та Mastermix: Primerdesign Ltd. N.p., n.d. Веб. 13 березня 2017 року.
3. "Зелений SYBR та інші ПЛР-барвники в режимі реального часу". Біоспорядження. N.p., 05 квітня 2010. Веб. 14 березня 2017 року

Надано зображення:
1. "ПЛР із зеленим SYBR" Автор -Ygonaar 23:09, 7 березня 2006 (UTC) - Це графік, створений Ygonaar з Power Point, CC BY-SA 3.0, https://commons.wikimedia.org/w/ index.php? curid = 619528
2. "Taqman" Користувач: Braindamaged - Власна робота (Public Domain) через Вікісховище Commons