Різниця між AFLP та RFLP

Ключова різниця - AFLP проти RFLP
 

Дослідження ДНК мають величезне значення для розуміння та визначення філогенетичних зв’язків, діагностики генетичних захворювань та картографування геномів організму. Кілька методів, пов'язаних з аналізом ДНК, також використовуються для ідентифікації конкретного гена або послідовності ДНК у пулі невідомої ДНК. Вони відомі як молекулярні маркери. Поліморфізм довжини фрагмента (AFLP) та Поліморфізм довжини фрагмента обмеження (RFLP) - це два такі молекулярні маркери (методи), розроблені в молекулярній біології для виявлення генетичної різниці між організмами. Обидва методи однаково важливі і мають переваги та недоліки. Ключова різниця між AFLP і RFLP полягає в тому, що AFLP включає селективну ПЛР-ампліфікацію перетравленої ДНК, тоді як RFLP не передбачає селективної ампліфікації ПЛР фрагментів ДНК..

ЗМІСТ
1. Огляд та ключові відмінності
2. Що таке AFLP
3. Що таке RFLP
4. Поплечне порівняння - AFLP проти RFLP
5. Підсумок

Що таке AFLP?

AFLP (Поліморфізм довжини посиленого фрагмента) є важливим інструментом у молекулярній біології та широко використовується в аналізі генетичних варіацій. AFLP заснований на специфічній ПЛР-ампліфікації фрагментованої геномної ДНК та виявленні поліморфізму за допомогою авторадіографів за допомогою гель-електрофорезу. AFLP широко сприяє виявленню генетичних відмінностей штамів або близькоспоріднених видів різних царств, включаючи рослини, тварини, бактерії та гриби. AFLP можна проводити з невеликою кількістю невідомих зразків ДНК. Він не вимагає попереднього знання послідовності та проектування зондів.

Кроки AFLP

1. Виділення ДНК
2. Розщеплення ДНК з рестрикційними ендонуклеазами
3. Зв'язування фрагментів ДНК з обмеженим доступом за допомогою адаптерів
4. Вибірна ампліфікація фрагментів із специфічними сайтами рестрикції
5. Поділ продуктів ПЛР гель-електрофорезом
6. Візуалізація гелевої матриці за допомогою авторадиографа

AFLP - це більш чутливий і відтворюваний метод, який може бути використаний для профілактики ДНК декількох таксонів, включаючи гриби, бактерії, рослини та тварину без попереднього знання послідовностей ДНК. Це допомагає виявити незначні відмінності серед осіб у популяції через його дуже чутливий характер. AFLP також важливий у картографуванні геномів, судово-медичних дослідженнях, батьківському тестуванні, генотипуванні тощо.

Малюнок 01: AFLP

Що таке RFLP?

Поліморфізми з обмеженням довжини фрагмента (RFLP) - це техніка, яка використовується для виявлення генетичних варіацій гомологічних послідовностей ДНК. Це перший метод, розроблений для профілювання ДНК. Організми мають унікальні відбитки ДНК або профілі ДНК. RFLP служить важливим інструментом для аналізу варіацій між профілями ДНК внутрішньовидових або тісно споріднених організмів, оскільки гомологічні послідовності мають різні місця (локації) рестрикції, які є унікальними для конкретного організму. Коли гомологічна ДНК засвоюється із специфічними ендонуклеазами рестрикції, це призведе до різних профілів ДНК, унікальних для кожної людини. Отже, головним методом цього методу є виявлення генетичної зміни серед організмів шляхом обмеження гомологічної ДНК специфічними рестрикційними ферментами та аналіз поліморфізму довжини фрагмента за допомогою гель-електрофорезу та блоттінгу. Моделі пігментації є унікальними для кожного організму і характеризують конкретні генотипи.

Кроки RFLP

1. Виділення достатньої кількості ДНК із зразків
2. Фрагментація зразків ДНК із специфічним рестрикційним ендонуклеазою на коротку послідовність
3. Відокремлення отриманих фрагментів різної довжини методом електрофорезу агарозного гелю.
4. Перенесення гелевого профілю в мембрану методом Саузерн-блот

5. Гібридизація мембрани з міченими зондами та аналіз поліморфізму довжини фрагмента в кожному профілі

RFLP - це дуже важлива методика виявлення успадкування хвороби та пошуку ризику виникнення захворювання серед членів сім'ї. RFLP також часто використовується для картографування геномів, виявлення злочинців у криміналістиці, тестуванні батьківства тощо. RFLP також має ряд обмежень. RFLP вимагає попереднього знання даних про послідовність для проектування зондів для гібридизації. Він також вимагає виділення достатньої кількості ДНК із зразка для аналізу, що складно у криміналістичних дослідженнях.

Рисунок 01: Картографування RRFLP

Яка різниця між AFLP та RFLP?

ALFP проти RFLP
AFLP включає селективну ПЛР-ампліфікацію перевареної ДНК.	RFLP не включає PCR, якщо це не PCR-RFLP.
Знання послідовності
Попередні знання послідовності не потрібні.	Попередні знання послідовності необхідні для розроблених RFLP-зондів.
Надійність
Це надійніше.	Це менш надійно порівняно з AFLP.
Ефективність у виявленні поліморфізму
Це має більш високу ефективність у виявленні поліморфізму, ніж RFLP.	Це менш ефективно в порівнянні з AFLP.
Вартість
Це трохи дорого порівняно з RFLP.	Це дешевше порівняно з AFLP.
Програми
AFLP застосовуються для картографування геномів, відбитків пальців ДНК, досліджень генетичного різноманіття, тестування батьківства та криміналістики	RFLP-аналіз є важливим інструментом у картографуванні геномів, локалізації генів при генетичних порушеннях, визначенні ризику захворювання та тестуванні батьківства.

Підсумок - AFLP проти RFLP

AFLP і RFLP - дві методики, що використовуються як генетичні маркери для оцінки різноманітності та оцінки генетичних зв’язків у молекулярній біології. AFLP служить ефективнішим та чутливішим методом виявлення генетичного поліморфізму між організмами, ніж RFLP. Однак, хоча обидва ці методи мають різну ефективність у виявленні генетичних варіацій, вони все ще використовуються для відбитків пальців ДНК та діагностики захворювання.

Довідка:
'1. Гарсія, Антоніо А. Ф., Лучана Л. Бенхімол, Антонія М. М. Барбоса, Ісаас О. Джеральді, Соза-молодший Клаудіо Л. та Анета П. Де Суза. "Порівняння маркерів RAPD, RFLP, AFLP та SSR для досліджень різноманітності в інбредних лініях тропічної кукурудзи". Генетика та молекулярна біологія. Sociedade Brasileira de Genética, 2004. Веб. 19 березня 2017 року
2. "Поліморфізм довжини фрагмента обмеження (RFLP)." Національний центр інформації про біотехнології. Національна медична бібліотека США, n.d. Веб. 19 березня 2017 року
3. Масіга Д. К. та Тернер К. М. (2004). "Аналіз посиленого (рестрикційного) поліморфізму довжини фрагмента (AFLP)". Методи Mol Biol: 270: 173-86. NCBI. Веб. 19 березня 2017 року

Надано зображення:
1. "ALFP" Барбаросса з голландської Вікіпедії - переведено з nl.wikipedia у Commons. (Публічне надбання) через Wikimedia Commons
2. “RFLP-карти” від Retama - Власна робота (GFDL) через Вікісховище Commons