В минулому, археї були класифіковані як бактерії і були покликані архебактерії. Але було виявлено, що археї мають чітку еволюційну історію та біохімію порівняно з
До середини 20 століття біологи класифікували все живе як рослину чи тварину. Але ця система не змогла вмістити грибів, протестів та бактерій. Так до 1970-х років система класифікації розвинулася до того, що було відоме як П’ять царства - прокаріоти (бактерії) та еукаріоти (рослини, тварини, гриби, протисти). Еукаріоти характеризуються наявністю ядер, цитоскелетів та внутрішніх мембран у своїх клітинах.
Наприкінці 1970-х доктор Карл Уїз та його колеги з університету Іллінойсу визначили групу мікроорганізмів, генетичний склад яких значно відрізнявся від інших бактерій. Тож вони розділили прокаріотичне життя на те, що вони назвали археабактерії і еубактерії. Однак згодом вони дійшли висновку, що «археабактерії» були досить різними, щоб взагалі не бути бактеріями. Тож групи були перейменовані в археї і бактерії.
Дерево життя, що показує класифікацію всіх живих організмів.І археї, і евбактерії схожі за формою та розміром. Обидва вони зустрічаються у вигляді стрижнів, коків, спіралей, пластин або скручених.
Загальна клітинна структура архей та бактерій однакова, але склад та організація деяких структур відрізняються археями. Подібно до бактерій, археї не мають внутрішніх оболонок, але обидві мають клітинну стінку і використовують джгутики для плавання.
Археї відрізняються тим, що їх клітинна стінка не містить пептидоглікан, а клітинна мембрана використовує ліфіди, пов'язані з ефіром, на відміну від ліпідів, пов'язаних з ефіром, у бактерій.
Дрібні археї розвивалися з бактерій бактерій IV типу, в той час як бактеріальні джгутики еволюціонували з системи секреції III типу. Бактеріальний джгутик схожий на стебло, яке порожнисте і зібране субодиницями, які вільно просуваються вгору по центральній порі, додаючи до кінчика джгутиків, тоді як в археях субодиниці джгутиків додаються до основи.
Архея розмножуються безстатевим шляхом процесом бінарного поділу, брунькування і фрагментації. Евбактерії розмножуються безстатевим шляхом шляхом бінарного поділу, розпускання бруньки, фрагментації, але евбактерії мають унікальну здатність утворювати спори протягом багатьох років у спокої - риса, яку Архея не проявляє. Зростання бактерій відбувається в три фази, затримка фази, коли клітини адаптуються до нового середовища, маркування фази, експоненціальний ріст і нерухома фаза, коли поживні речовини виснажуються.
Архея може вижити в екстремальних і суворих умовах, таких як гарячі джерела, солоні озера, заболочені ділянки, океани, кишки жуйних тварин і людина. Евбактерії є всюдисущими і містяться в ґрунті, гарячих джерелах, радіоактивних стічних водах, земній корі, органічних речовинах, органах рослин і тварин тощо.